Pontigny

La commune est traversée dans le sens nord-sud par la N77 joignant Auxerre au sud et Saint-Florentin et Troyes au nord, et par la D91 reliant Migennes à l'ouest et Chablis au sud-est.

La sortie 20 (« Venoy ») de l'autoroute A6 est à 16 km au sud, la sortie 19 (« Monéteau ») est à 19 km au sud-ouest.

Les gares les plus proches sont celles de Laroche - Migennes (la mieux desservie) à 18 km et celle d'Auxerre à 19 km.

Le Serein, très méandreux, traverse la commune d'Est en Ouest sur environ 8,2 km. Il est doublé en rive gauche par le bief du Moulin, long de 2,7 km et qui finit dans Pontigny même.

Six de ses affluents coulent sur la commune :

• le ru du Poncelot, qui coule du sud au nord sur la commune pendant 2,6 km avant de couper le cours du bief du Moulin puis de confluer en rive gauche sur la commune de Ligny-le-Châtel ;
• le ru des Prés du Bois (5,7 km de long) prend naissance sur Varennes et traverse Ligny-le-Châtel, puis arrive sur la commune et y coule sur 620 m avant de confluer en rive droite à 1,7 km en amont de la N77 ;
• le ru des Cinquantaines coule du sud au nord entièrement sur la commune sur environ 6,2 km ; il coupe lui aussi le cours du bief du Moulin puis conflue environ 900 m en amont de la N77 ;
• le ru du Bois forme limite avec la commune de Venouse sur 3,4 km, puis sur Seignelay pour environ 200 m avant de confluer en rive gauche 460 m en aval de la N77 ;
• le ru de Roncenay (1,8 km) naît sur la commune et conflue en rive droite 700 m en aval de la N77 ;
• le ru des Lames (2,9 km) puis le ru de Savry (1,5 km), affluents de rive gauche, coulent essentiellement sur Venouse avant de couler pour quelques dizaines de mètres sur Seignelay et de confluer sur des bras secondaires du Serein.

La commune comprend très peu de surface d'eaux stagnantes (étang ou lac), avec seulement trois étangs : un petit étang d'environ 82 ares à Entre Deux Eaux, une presqu'île à l'intérieur d'un méandre très resserré du Serein ; un étang de plus de un hectare à côté de la station d'épuration, toujours dans la vallée du Serein ; et un très petit étang de 25 ares derrière le Beugnon.

	Rouvray	Vergigny
	Venouse	N	Ligny-le-Châtel
		O    Pontigny    E
		S
		Montigny-la-Resle	Lignorelles

Cinq hameaux sont entièrement situés sur la commune, et une partie du hameau des Prés du Bois d'en Bas.

Les lieux suivis d'une astérisque sont situés à l'écart de la route indiquée. Les lieux-dits sont en italiques.

En 2010, le climat de la commune est de type climat océanique dégradé des plaines du Centre et du Nord, selon une étude du Centre national de la recherche scientifique s'appuyant sur une série de données couvrant la période 1971-2000. En 2020, Météo-France publie une typologie des climats de la France métropolitaine dans laquelle la commune est exposée à un climat océanique altéré et est dans la région climatique Lorraine, plateau de Langres, Morvan, caractérisée par un hiver rude (1,5 .

Pour la période 1971-2000, la température annuelle moyenne est de 11,1 amplitude thermique annuelle de 15,5 . Pour la période 1991-2020, la température moyenne annuelle observée sur la station météorologique de Météo-France la plus proche, « Ligny-le-Châtel », sur la commune de Ligny-le-Châtel à 4 vol d'oiseau, est de 11,5 °C et le cumul annuel moyen de précipitations est de 772,9 mm. La température maximale relevée sur cette station est de 40,7 ^,,.

Les paramètres climatiques de la commune ont été estimés pour le milieu du siècle (2041-2070) selon différents scénarios d'émission de gaz à effet de serre à partir des nouvelles projections climatiques de référence DRIAS-2020. Ils sont consultables sur un site dédié publié par Météo-France en novembre 2022.

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• D'un nom de personne Pontinius suivi du suffixe -acum.
• Pontiniacum (1119), Ponteigni (1269), Pontigny (1793).

Le Serein à Pontigny est le point de rencontre de sept territoires féodaux : comtés d'Auxerre, de Tonnerre et de Champagne, diocèses d'Auxerre, de Sens et de Langres, et le fief de l'abbaye de Pontigny. C'est du pont de Pontigny qu'il était dit que deux évêques et deux abbés pouvaient s'asseoir ensemble sans quitter leurs territoires respectifs. Il s'agissait des évêques de Sens et de Langres, et des abbés de Pontigny et de Saint-Germain d'Auxerre.

La première implantation remonte à 1114 : des moines venus de Cîteaux défrichent une terre sur la rive du Serein, sur la paroisse de Venouse, pour y fonder une abbaye qui prend le nom de Pontigny (du nom du pont qu'ils construisent sur la rivière). La légende situe dans cette abbaye la rédaction de la Grande Charte par les barons anglais révoltés contre Jean sans Terre.

À partir de 1240, de nombreux pèlerins affluent vers les reliques de saint Edme, archevêque anglais inhumé dans l'église. Après 1285, les premiers laïcs s'installent à Pontigny et des maisons de bois apparaissent le long de la muraille du monastère.

Lorsqu'un conflit éclatait entre l'un ou l'autre des princes ou des prélats, plutôt que de se battre ou de s'excommunier, et comme aucun n'admettait de se rendre chez l'autre pour négocier, puisque aussi chacun pouvait se prétendre chez lui sur l'arche centrale du pont de Pontigny, les grands qui gouvernaient vinrent se rencontrer au beau milieu de ce pont à de multiples reprises pour signer accords et conventions. Dans les grandes circonstances, on dressait une table dans l'axe du Serein ; et les trois comtes, les évêques et l'abbé de Pontigny y réglaient en dînant les affaires de nos régions.

En 1549, on fabrique des tuiles et des carreaux de terre cuite, grâce à une argile de bonne qualité qu'on extrait sur place. La force hydraulique est exploitée par un moulin à grains et plus tard par un moulin à foulon (en 1746).

À la Révolution, Pontigny, alors hameau rattaché à Venouse, devient une commune indépendante. L'abbaye, quant à elle, est fermée et les moines chassés. Les bâtiments sont démolis et servent de carrière pour les habitants. L'église est épargnée et devient église paroissiale.

De 1848 à 1903, le domaine de l'abbaye est occupé par les pères de Saint-Edme, confrérie fondée par le père Jean-Baptiste Muard.

Au début du  siècle, l'abbaye de Pontigny a été le cadre d'un mouvement intellectuel important, les Décades de Pontigny. Il s'agissait de rencontres, durant l'été, d'intellectuels d'horizons très divers invités dans ce cadre verdoyant par son propriétaire de l'époque, Paul Desjardins. Entre 1910 et 1939, tout ce que la France compta d'écrivains, d'historiens, de philosophes etc. vint, une année ou l'autre, à Pontigny ; entre autres, Gaston Bachelard, Charles Du Bos, André Gide, Pierre Do-Dinh, Bernard Groethuysen, Alexandre Koyré, Helmut Kuhn et sa femme Käthe, André Malraux, Gabriel Marcel, Roger Martin du Gard, Robert Oppenheimer, Raymond Aron, Jean-Paul Sartre, Paul Valéry, Herbert George Wells. L'écrivain Henry de Montherlant, le philosophe Vladimir Jankélévitch et d'autres ont marqué le mouvement, qui s'est poursuivi après la mort de Paul Desjardins par les Colloques de Cerisy. L'inspiration de Paul Desjardins était les Solitaires de Port-Royal des Champs.

En 1954, l'abbatiale de Pontigny est érigée, siège épiscopal de la Mission de France par le pape Pie XII.