Villers-Farlay

La commune est traversée par la Loue au nord et par le ruisseau de la Larine qui la délimite à l'est avec Mouchard et Cramans.

		Chissey-sur-Loue	Arc-et-Senans (Doubs)
	Écleux	N	Cramans Mouchard
		O    Villers-Farlay    E
		S
		Villeneuve-d'Aval, Mouchard

En 2010, le climat de la commune est de type climat de montagne, selon une étude du Centre national de la recherche scientifique s'appuyant sur une série de données couvrant la période 1971-2000. En 2020, Météo-France publie une typologie des climats de la France métropolitaine dans laquelle la commune est exposée à un climat semi-continental et est dans la région climatique Jura, caractérisée par une forte pluviométrie en toutes saisons (1 000 à 1 500 .

Pour la période 1971-2000, la température annuelle moyenne est de 10,7 amplitude thermique annuelle de 17,5 . Pour la période 1991-2020, la température moyenne annuelle observée sur la station météorologique de Météo-France la plus proche, « Arc-et-Senans », sur la commune d'Arc-et-Senans à 4 vol d'oiseau, est de 11,7 °C et le cumul annuel moyen de précipitations est de 1 182,8 mm. La température maximale relevée sur cette station est de 41,5 ^,,.

Les paramètres climatiques de la commune ont été estimés pour le milieu du siècle (2041-2070) selon différents scénarios d'émission de gaz à effet de serre à partir des nouvelles projections climatiques de référence DRIAS-2020. Ils sont consultables sur un site dédié publié par Météo-France en novembre 2022.

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Le 14 octobre 1885, un jeune garçon de 14 ans, nommé Jean-Baptiste Jupille, natif du village voisin de Port-Lesney, gardait un troupeau de moutons dans les pâtures communales de Villers-Farlay. Il fut attaqué et mordu par un chien enragé.

Le maire de Villers-Farlay, Pierre Joseph Perrot, ayant entendu parler du savant Louis Pasteur, mit tout en œuvre pour envoyer l'enfant à Paris où Pasteur lui sauva la vie en appliquant le vaccin antirabique qu'il venait de mettre au point.

Le jeune Jean-Baptiste est historiquement le deuxième patient après Joseph Meister à être sauvé par Pasteur. Ce fait historique fait l'objet d'une fresque murale exposée en la commune de Villers-Farlay, sur le mur de la mairie. Une statue de Pasteur est également érigée place Jupille à titre de souvenir.