Mayotte

Le nom de Mayotte vient du nom portugais « Mayotta », transcription du swahili « Maouti », qu'on dit lui-même calqué sur l'arabe « Jazirat al Mawet » (جزيرة الموت) qui signifie « île de la mort » (probablement en raison de la barrière de corail qui entoure l'île et a longtemps constitué un danger mortel pour les navires). En shimaoré (dialecte local issu du kiswahili), l'île est appelée « Maoré ».

C'est l'île la plus au sud de l'archipel des Comores, en arabe « Jouzour al qamar » (جزرالقمر), c'est-à-dire les « îles de la Lune » — cette étymologie populaire est cependant apocryphe, ce dernier nom venant plutôt de l'ancien nom arabe de Madagascar, « Ķ(u)mr’ » (ce qui en ferait les « îles malgaches »)^,.

Mayotte est souvent surnommée « l'île aux parfums »^, du fait de la culture autrefois intense de fleurs odoriférantes, notamment l'ylang-ylang, symbole de l'île. Du fait de sa forme vue du ciel, elle est parfois aussi surnommée « l'île-hippocampe », ou éventuellement « l'île au lagon » selon certaines brochures publicitaires, formule cependant moins spécifique.

Le premier nom européen de Mayotte fut apparemment « île du Saint-Esprit », attribué par les navigateurs portugais au début du  siècle. Cette appellation n'a pas perduré, même si elle a continué de figurer sur les cartes marines jusqu'au  siècle, associée à une île inexistante au sud de Mayotte et à côté de l'autre île fantôme de « Saint-Christophe » (erreurs probablement liées à la topographie de la péninsule au sud de l'île, aperçue de loin en mer avec une approximation des distances, puis au report sommaire des observations sur une carte d'exploration, mais corrigées seulement en 1665 par John Burston).

L'île est la plus orientale de l'archipel des Comores, mais la plus proche des côtes nord-ouest de Madagascar distantes d'environ 300 km.

Mayotte est la plus ancienne des quatre grandes îles de l'archipel des Comores, chapelets de terres qui émergent au-dessus d'un relief sous-marin en forme de croissant de lune, à l'entrée du canal du Mozambique. Située à 295 Madagascar et à 67 Anjouan, parfois visible le soir en ombre chinoise, elle est composée de plusieurs îles et îlots couverts d'une végétation exubérante. Les deux plus grandes îles sont Grande-Terre et Petite-Terre, entourées par une barrière de corail vaste et complexe.

Ce récif corallien de 160 lagon de 1 100 . On trouve, sur une partie de la barrière de corail, une double barrière qu'il est rare d'observer sur la planète. Il protège des courants marins et de la houle océanique la quasi-totalité de Mayotte, à l'exception d'une douzaine de passes, dont une à l'est appelée « passe en S ». Le lagon, d'une largeur moyenne de 5 à 10 Mtsamboro. Ce récif procure un abri aux bateaux et à la faune océanique.

L'ensemble des terres émergées de Mayotte couvre une superficie d'environ 374 Martinique, déjà trois fois plus grande avec 1 128 km². Cette surface est cependant difficile à évaluer avec précision, étant donné le nombre de petits îlots inhabités, dont une partie sont totalement sous l'eau à marée haute, mais peuvent révéler des surfaces importantes à marée basse. Les principales îles sont :

• Grande-Terre, 363 mont Bénara ou Mavingoni (660 mont Choungui (594 Mamoudzou, qui est la capitale économique de Mayotte et qui abrite le siège du conseil départemental et la préfecture ;
• Petite-Terre (ou îlot Pamanzi), avec Dzaoudzi et Pamandzi (où se situe l'aéroport). Elle fait 11 km² ;
• l'îlot Mtsamboro, qui est la troisième île par sa dimension (2 km²). Il est habité de façon permanente essentiellement par des pêcheurs ;
• l'îlot Mbouzi (84 réserve naturelle ;
• l'îlot Bandrélé, la cinquième île la plus grande ;
• l'îlot de Sable Blanc, situé à proximité du parc marin de Saziley (aire marine protégée).

• Îlots de Mayotte
• Îlot M'tsamboro.
• Îlot M'bouzi.
• Îlot Bandrélé.
• Îlot de Sable Blanc.
• Îlot Bambo.

Du fait de la petite taille de l'île, aucun cours d'eau n'est navigable : si certains atteignent parfois ponctuellement un débit impressionnant au plus fort de la mousson, la plupart sont presque totalement à sec pendant la saison sèche.

Mayotte compte deux lacs naturels :

• le lac Dziani, lac de cratère (« maar ») en Petite-Terre, dont les eaux sont impropres à la baignade, car chargées en minéraux marins et volcaniques et saturées de phytoplancton. Sa superficie est d'environ 17,5  ;
• le lac Karihani, sur la commune de Tsingoni, seule étendue naturelle d'eau douce permanente. Il s'étend sur une surface de 5 .

Il existe aussi un lac artificiel à Doujani (d'origine minière), et deux grandes retenues collinaires (lacs de barrage) servant au pompage d'eau potable : à Combani (1,5 Tsingoni) et à Dzoumogné (2 Bandraboua). On compte aussi en Petite-Terre la vasière des Badamiers, étang marin abritant une importante mangrove qui se connecte à la mer à marée haute.

L'approvisionnement de Mayotte en eau potable est assuré depuis 1977 par la SMAE (Mahoraise des eaux, filiale de Vinci Construction Dom-Tom et rattachée à la Direction Déléguée de l'Océan Indien). Du fait de la population importante, du peu d'eau douce disponible, du faible taux de retenue de cette eau et surtout des aléas de la saison des pluies, des pénuries d'eau douce peuvent parfois avoir lieu, comme la pénurie d'eau de 2016-2017. 80 % de l'eau potable est issue d'eaux captées en surface (principalement les deux retenues collinaires), 18 % proviennent de forages profonds et 2 % d'une station de dessalement d'eau de mer installée en Petite-Terre. Les infrastructures étant loin d'être suffisantes pour satisfaire une demande en croissance forte (+10 % par an), plusieurs grands projets sont à l'étude, notamment une troisième retenue collinaire qui pourrait voir le jour à l'horizon 2022.

Le climat est tropical d'alizé maritime. Les températures moyennes oscillent entre 23 et 30 hygrométrie dépasse souvent 85 %. On distingue deux principales saisons séparées par deux intersaisons plus brèves :

• la saison des pluies ou kashkasini, qui s'étale officiellement du , avec un cœur de mousson de décembre à mars, culminant en janvier. La température moyenne est de 27,4 Dzaoudzi reçoit ainsi plus d'un mètre d'eau durant une année dont 80 % pendant la saison des pluies, et les inondations sont fréquentes, notamment dans la région de Mamoudzou. Cette saison se distingue par l'abondance des fruits tropicaux et une verdure couvrant toute l'île ;

• la saison sèche ou kussini, qui s'étale de juin à septembre. La saison est plus sèche et les alizés apparaissent. La température moyenne est de 24,7 °C. Les légumes prennent la place des fruits, l'herbe sèche et certains arbres (notamment les baobabs) perdent leurs feuilles ;

• l'intersaison d'avril à mai ou matulahi. Les températures chutent et les précipitations se font plus rares ;

• l'intersaison d'octobre à novembre ou m'gnombéni. les températures et l'humidité augmentent. C'est la période des plantations (manioc, bananes, maïs…). Les arbres fleurissent.

Les vents dominants selon les saisons sèches et humides sont l'alizé du Sud-Ouest et la mousson du Nord-Ouest. La température de la mer oscille autour de 25,6 °C, mais peut dépasser 30 °C à la saison la plus chaude.

Les cyclones tropicaux, accrus tout au long de leur parcours par la chaleur échangée avec les eaux maritimes de surface chaudes, sont assez rares à Mayotte, protégée par Madagascar. Cependant, il arrive parfois que certaines dépressions contournent l'île-continent, et elles peuvent alors dévaster végétation et habitations ; ainsi, les cyclones de 1819, 1829 (avec l'effondrement du mont Kwale), 1836, 1858, 1864, 1898 (deux fois), 1920, 1934, 1950, 1962, 1975, 1978, d'avril 1984 (Kamisy, qui dévaste l'île) ou de janvier 1987 ont presque rasé l'île et fait des centaines de victimes^,.

Mayotte est une île tropicale pourvue d'une biodiversité sensationnelle : en particulier, la flore mahoraise est une des plus riches au monde par rapport à la superficie de l'île, avec au moins 1 300 espèces recensées dont la moitié sont indigènes ou endémiques. 5 577 ha (soit environ 15 % de la surface de l'île) ont le statut de « réserves forestières », protégeant la quasi-totalité des forêts naturelles humides - protection essentiellement théorique cependant, la déforestation sauvage étant importante.

À proximité des herbiers à tortues et de leurs plages, poussent des baobabs Adansonia digitata qui abritent parfois des colonies de roussettes, une chauve-souris géante et frugivore. Certains de ces baobabs ont été datés par les scientifiques à plus de 400 ans ; Mayotte est par ailleurs la seule terre au monde, avec Madagascar, à héberger plusieurs espèces de baobabs. Les paysages les plus préservés se trouvent dans le sud de la Grande-Terre, notamment à la pointe de Saziley ou à N'Gouja, et également dans l'est de Petite Terre. Les estuaires et certaines baies abritent également d'importantes mangroves, avec pas moins de 7 espèces différentes de palétuviers.

Dans les forêts et agro-forêts de l'archipel, le lémur brun ou « maki de Mayotte », lémurien agile qui se nourrit de fruits et de feuilles, vit en groupe de sept à douze individus, parfois plus dans les zones où il est nourri par les touristes. Ces animaux ont vraisemblablement été importés par les premières populations humaines pour servir de gibier, tout comme le tangue ou hérisson malgache. On peut aussi croiser, plus rarement, la civette malgache. Seules 15 espèces de mammifères sont présentes sur l'île, probablement toutes importées par l'Homme, à l'exception des chauves-souris.

On dénombre environ 140 espèces d'oiseaux à Mayotte, la plupart typiques des terres africaines et malgaches voisines, comme le martin triste, la grande Aigrette ou encore le paille-en-queue et le crabiers blancs, espèce en danger critique d'extinction.

Quant aux reptiles, on en compte à Mayotte environ 18 espèces, avec notamment plusieurs espèces de geckos dont le beau mais invasif Gecko diurne à poussière d'or (Phelsuma laticauda), de nombreux scinques et des caméléons, ainsi que quelques petits serpents endémiques (inoffensifs), essentiellement dans les montagnes – dont au moins une espèce endémique, Madatyphlops eudelini. Les amphibiens sont représentés par deux espèces de grenouilles.

Chez les invertébrés, on recense à l'heure actuelle 23 espèces de mollusques terrestres (escargots et limaces), 116 espèces de papillons (dont 12 endémiques), 38 espèces de libellules, 50 espèces d'orthoptères (grillons, criquets et sauterelles, dont 31 endémiques), et 150 espèces de coléoptères.

Mayotte est très riche en biodiversité végétale et compte de nombreuses espèces endémiques ou très rares, comme le Namoulohna (Foetidia comorensis), le Foudi de Mayotte (Foudia eminentissima algondae) ou encore l'arbuste Eugenia chounguiensis, qui n'est connu que du Mont Choungui. Toutefois, la forêt primaire y régresse au profit des cultures et des habitations, pour ne plus couvrir que 5 % de l'île, le reste étant dévolu à l'agriculture (légale ou non) et aux espèces introduites ou invasives. Cette déforestation engendre des risques d'instabilité pour les terrains et le littoral ainsi qu'une pollution et dégradation du lagon, alors que la pression foncière et la démographie ne cessent de croître. Au rythme actuel de déforestation, la totalité des forêts naturelles de Mayotte risque de disparaître d'ici trente ans selon l'association Les Naturalistes de Mayotte qui surveille l'évolution écologique de l'île. C'est notamment pour enrayer ce phénomène qu'est créé en 2021 une « réserve naturelle nationale des forêts », visant à protéger la forêt primaire de Mayotte sur 2 801 hectares répartie sur six massifs forestiers qui s'étendent sur 11 des 17 communes du département.

• Plage de Sakouli et ses baobabs.
• Paysages de padzas surplombant Passamaïnty.
• Mangrove à Hajangoua.
• Ripisylve tropicale caractéristique à Mayotte, avec de grands manguiers couverts d'épiphytes.
• Un maki de Mayotte (Eulemur fulvus mayottensis).

Le récif corallien de Mayotte est particulièrement spectaculaire, et détenteur de plusieurs records probables, comme celui de plus grand lagon du monde, du plus profond, et de l'un des seuls à disposer d'une double barrière. La barrière corallienne externe est longue de 195 mangrove. On y trouve entre 250 et 300 espèces de coraux différentes, 760 espèces de poissons tropicaux, et l'Inventaire national du patrimoine naturel recense 3 616 espèces marines, mais ce chiffre est probablement très loin du compte réel, de nombreux groupes n'ayant pas encore fait l'objet d'un inventaire significatif. Cette région du monde étant encore bien mal inventoriée par les scientifiques, les eaux de Mayotte continuent de receler de nombreuses espèces inconnues de la science, et permettent des découvertes scientifiques importantes chaque année.

Les eaux chaudes du lagon accueillent chaque hiver austral les baleines accoucheuses vivant sur leurs réserves de graisses antarctiques, puis leurs petits en lactation, et accueillent plus de vingt espèces de mammifères marins, soit un quart des espèces connues (ce qui est exceptionnel), dont de très nombreux bancs de dauphins.

Mayotte héberge encore une petite population de dugongs (la seule de France), estimée à moins de dix individus, et donc en danger critique d'extinction, qui fait l'objet depuis 2021 d'un plan national d'action.

Parmi les autres espèces emblématiques du lagon, on compte aussi la raie manta de récif, particulièrement présente d'avril à juin. Treize autres grandes espèces de raies sont également présentes (raies aigle, raies pastenague…). Au moins 24 espèces de requins sont aussi présentes, mais les rencontres sont rares et aucun accident n'a jamais été à déplorer sur le territoire.

Cinq espèces de tortues marines sont recensées à Mayotte, et plusieurs (verte et imbriquée essentiellement) viennent pondre sur les plages : haut lieu de ponte des tortues vertes, Mayotte comptabilise chaque année environ 4000 « montées » de tortues venues pondre leurs œufs dans le sable d'au moins 150 des plages de Mayotte. Les tortues marines et les mammifères marins emblématiques du lagon sont protégés.

Quelques espèces de poissons et de gros coquillages sont également protégées, et il existe des saisons légales de pêche pour les crustacés et des fermetures temporaires pour la pêche au poulpe (« pwedza »).

Le lagon est nourricier pour les poissons. Les mangroves jouent un rôle de nettoyage écologique, entravant l'écoulement des sédiments, augmentant la densité animale et végétale, notamment des espèces piscicoles au stade juvénile.

Mayotte compte quatre aires marines protégées (où la pêche et les activités destructrices sont interdites) : le parc marin de Saziley, la passe en S (réserve de pêche intégrale), la zone de protection du site naturel de N'Gouja et la réserve naturelle nationale de l'îlot Mbouzi. L'ensemble de l'île et des eaux qui l'environnent est sous la protection du parc naturel marin de Mayotte, qui ne constitue pas une aire marine protégée mais une « aire d'adhésion » où les activités potentiellement nuisibles à l'environnement sont soumises à l'approbation du conseil de gestion.

• Îlots choisils et récif frangeant.
• Le récif corallien découvert, à marée basse (îlot M'Bouzi).
• Le récif de corail frangeant à la plage de Sakouli.
• Une très vieille colonie de corail (Porites) sur la barrière ouest.
• Une tortue verte (Chelonia mydas) à N'Gouja.

Mayotte est un haut lieu de biodiversité terrestre et marine. Cependant, cet assemblage est particulièrement vulnérable face à la surpopulation humaine et aux mauvaises pratiques qui l'accompagnent. Les chercheurs estiment que le lagon de Mayotte était un des plus beaux au monde jusque dans les années 1970, mais qu'il a commencé à se dégrader à partir de 1978, avec un envasement progressif et une importante mortalité du corail sur de larges zones, même si son état actuel en fait sans doute toujours le lagon corallien le plus riche de tous les départements d'outre-mer français.

Les menaces qui pèsent sur l'écosystème sont notamment les espèces introduites et éventuellement invasives, avec risques croissants d'invasion biologique, la fragmentation par les routes, qui dégradent l'intégrité écologique de l'île, la dégradation des récifs coralliens par la pollution et par accumulations de sédiments terrigènes (déjà plusieurs kilomètres carrés sont dégradés dans les lagons de Mayotte, à la suite de la destruction des forêts qui protégeaient les sols de l'érosion). Bien que les taux de pesticides mesurés dans l'eau soient (en 2011) moindres qu'en métropole (mais plus élevés qu'en Guyane), les engrais et pesticides, comme le DDT, peuvent aussi être emportés par les eaux pluviales et favoriser, voire rendre permanent, le blanchiment des coraux (coral bleaching), d'autant plus qu'une partie de ces pesticides sont de dangereux produits de contrebande importés des pays voisins, et utilisés sans aucune précaution par des agriculteurs souvent illettrés.

Depuis 2018, un total de 470 espèces sont protégées par arrêté préfectoral : 220 espèces animales (marines ou terrestres) et 250 espèces végétales.

La collecte de coquillages (industrielle dans les années 1970), la pêche excessive, certaines activités extractives (sable corallien), l'agriculture et la divagation d'animaux peuvent aussi avoir des impacts négatifs. Si les derniers dugongs sont désormais relativement bien surveillés, le braconnage des tortues marines est encore féroce à Mayotte^,, où on estime que 10% des tortues venant pondre sur les plages succombent sous les coups de machette des braconniers. Le braconnage ou la pêche déraisonnable touchent également les requins, certains mollusques et les concombres de mer.

L'agriculture sauvage sur brûlis, très répandue y compris dans les zones forestières classées, met en grave danger les écosystèmes terrestres et marins de l'île. Des arrêtés préfectoraux ont interdit ces pratiques (notamment en 2017), mais ne sont pratiquement pas appliqués.

Le problème des déchets est crucial pour l'avenir de l'île en matière de tourisme, d'écologie et de santé publique. Un problème accentué par différents facteurs : le caractère insulaire et vallonné, la forte densité de population (plus de 500  (déchetteries, valorisation des déchets, poubelles et containers suffisants…) et un cadrage institutionnel récent (code de l'environnement, plans de gestion des déchets…). L'épuration des eaux est également très insuffisante, et une grande partie des égouts est déversée directement dans la mangrove.

La perturbation chimique des eaux marines a aussi entraîné des invasions biologiques, notamment par l'étoile dévoreuse de corail Acanthaster planci à partir des années 1980.

Un travail compliqué (au sens des enjeux, budgets et problématiques à croiser pour un tel territoire) est donc à faire, notamment de restauration des milieux écologiques (mangroves, cours d'eau), de nettoyage des abords des routes et des décharges, d'éducation de la population à l'environnement et d'urbanisme^,.

Le parc naturel marin de Mayotte a été créé le 18 janvier 2010 : c'est le premier parc naturel marin créé en outre-mer, couvrant l'ensemble de la zone économique exclusive (68 381 . La pêche est autorisée dans les eaux du parc selon certaines régulations, et des réserves intégrales existent également, comme celle de la « Passe en S ». Depuis 2014, les opérateurs marins sont signataires d'une « charte des opérateurs nautiques de Mayotte pour le respect des mammifères marins et de leurs habitats ».

Niveau terrestre, la réserve naturelle nationale des forêts est instituée en 2021, interdisant toute activité touchant la faune et la flore sauvages sur 2 801 hectares de forêt protégée (et en particulier l'agriculture et la coupe de bois) ; l'apiculture y est réglementée, et la randonnée est autorisée sur les chemins balisés.

• Exemple de plage polluée par des ordures, à Majicavo. L'éducation environnementale est un défi à Mayotte.
• Colonie de corail fracassée, par une ancre ou par un baigneur maladroit. Si elle survit, elle mettra plusieurs longues années à se reconstituer.
• Restes d'une scène de braconnage à Petite-Terre. On voit une carcasse de tortue verte et des coquilles éclatées de strombes.
• Étoile dévoreuse de corail à Bandrélé. À la suite de perturbations écologiques, elle peut être sujette à des invasions destructrices, comme en 2011.
• Panneau de réglementation environnementale à destination des usagers des îlots de Mayotte.

Le nom de Mayotte vient du nom portugais « Mayotta », transcription du swahili « Maouti », qu'on dit lui-même calqué sur l'arabe « Jazirat al Mawet » (جزيرة الموت) qui signifie « île de la mort » (probablement en raison de la barrière de corail qui entoure l'île et a longtemps constitué un danger mortel pour les navires). En shimaoré (dialecte local issu du kiswahili), l'île est appelée « Maoré ».

C'est l'île la plus au sud de l'archipel des Comores, en arabe « Jouzour al qamar » (جزرالقمر), c'est-à-dire les « îles de la Lune » — cette étymologie populaire est cependant apocryphe, ce dernier nom venant plutôt de l'ancien nom arabe de Madagascar, « Ķ(u)mr’ » (ce qui en ferait les « îles malgaches »)^,.

Mayotte est souvent surnommée « l'île aux parfums »^, du fait de la culture autrefois intense de fleurs odoriférantes, notamment l'ylang-ylang, symbole de l'île. Du fait de sa forme vue du ciel, elle est parfois aussi surnommée « l'île-hippocampe », ou éventuellement « l'île au lagon » selon certaines brochures publicitaires, formule cependant moins spécifique.

Le premier nom européen de Mayotte fut apparemment « île du Saint-Esprit », attribué par les navigateurs portugais au début du  siècle. Cette appellation n'a pas perduré, même si elle a continué de figurer sur les cartes marines jusqu'au  siècle, associée à une île inexistante au sud de Mayotte et à côté de l'autre île fantôme de « Saint-Christophe » (erreurs probablement liées à la topographie de la péninsule au sud de l'île, aperçue de loin en mer avec une approximation des distances, puis au report sommaire des observations sur une carte d'exploration, mais corrigées seulement en 1665 par John Burston).

Vieille de 9 millions d'années, l'île ne semble pas avoir connu de présence humaine avant le Moyen Âge, les mammifères en étant probablement absents à l'exception des roussettes.

Les peuples swahilis, caractérisés par une culture d'origine bantoue répandue sur l'ensemble des rivages de l'Afrique orientale de la Somalie au Mozambique, entretenant des relations encore mal connues avec les populations malgaches, d'origine austronésienne. Mayotte et Anjouan ont été occupées apparemment plus tardivement car les deux îles se différencient de l'ensemble des Comores par une évolution linguistique spécifique. Le commerce maritime, très actif dès cette époque, atteste de contacts avec le Moyen-Orient musulman. Les plus vieux vestiges d'occupation humaine ont été retrouvés à Acoua, et datent de cette période ; les premières populations n'étaient vraisemblablement pas musulmanes, et ne se seraient islamisées que plus tard, au contact des marchands arabes. Mayotte est alors une étape dans le commerce entre l'Afrique et Madagascar, comme l'attestent les données archéologiques du site d'Ironi Bé à Dembéni.

Du Madagascar et le monde swahili. Les relations avec la côte et la grande île sont importantes, et les restes de poteries africaines, malgaches, indiennes et même chinoises attestent d'un commerce florissant. Les fouilles menées à Dembéni ont mis en évidence des céramiques importées du golfe Persique, d'Inde, de Chine ainsi que des produits malgaches (notamment du cristal de roche travaillé) datant du  siècle, montrant déjà une grande inclusion de cette localité dans le commerce international de l'océan Indien. Cette « civilisation de Dembéni » semble avoir connu une décadence au  siècle, possiblement du fait de guerres, menant à sa disparition progressive.

Vers 1470, un sultanat shirazi (originaire de Perse) s'établit, il est reconnu jusqu'au début du chaféite encore pratiqué à Mayotte. L'île de Mayotte (« Mawutu ») est mentionnée pour la première fois en 1490 sous la plume du navigateur arabe Ahmed Ibn Majid.

• Restes de poterie pris dans le grès de plage en Petite-Terre.
• Tombe musulmane du Moyen Âge.
• Collier trouvé sur le site d'Antsiraka Boira (XIII^e – XIV^e siècle).
• Restitution d'une habitation aisée à Acoua, au  siècle.

L'archipel des Comores constitue la frontière sud de l'aire culturelle swahilie qui se développe à partir de la fin du Moyen Âge dans cette région que l'on appelle à l'époque le Zanguebar. Mayotte constitue également le point de contact de cet ensemble avec la culture malgache, très différente, ce qui fait de cette île un carrefour d'influences, mais aussi une cible guerrière. Les influences venues de l'ensemble de l'océan Indien et de la côte africaine bantoue et de la côte malgache se mêlent alors, et façonnent une société swahilie insulaire très multiculturelle. Une immigration bantoue et malgache (Sakalaves) s'installe, notamment du fait de l'esclavage introduit aux alentours du  siècle.

Avec le contournement de l'Afrique de Vasco de Gama pour arriver aux Indes par voie maritime en contournant le cap de Bonne-Espérance en 1498, le canal du Mozambique se retrouve subitement au cœur de la principale route commerciale au monde, ouvrant une importante période de prospérité pour les nombreuses îles et cités-États de l'aire culturelle swahilie.

En 1503, l'île de Mayotte est mentionnée pour la première fois par une escadre portugaise qui l'aborde ; elle est baptisée « île du Saint-Esprit » en 1507. D'après les archives de l'amirauté portugaise, elle est cartographiée par Diego Ribeiro en 1527. Dans un premier temps ce repérage soigneux permet surtout de l'éviter, à la façon des convois de boutres qui ont sillonné de manière multiséculaire le canal du Mozambique : les récifs de corail de Mayotte représentent un danger mortel pour les bateaux. C'est pourquoi jusqu'au  siècle, l'île n'est pas un lieu d'escale ordinaire pour les grandes flottes et n'accueille que quelques grands navires européens égarés et prudents, venus s'y ravitailler par nécessité.

En 1521, l'amiral et cartographe ottoman Piri Reis visite Mayotte à son tour. Il la décrit en ces termes dans son Kitab-i Bahrije :

« La seconde île est nommée Magota. On dit que les Portugais y ont mis des hommes. Elle a un Chah. Sa population est noire et blanche. Ils sont chafi'i, parmi eux point d'hypocrisie. Elle a une ville nommée Chin Kuni [Tsingoni]. N'y règnent que des cheikhs. »

Le grand souverain du Mtsamboro), c'est lui qui transfère la capitale à Tsingoni et fait ériger en 1538 le mihrab de la mosquée encore visible aujourd'hui. Son long règne (40 ans selon certaines sources) coïncida apparemment avec une période d'importante prospérité pour l'île, désormais en position stratégique sur les routes commerciales reliant l'Europe à l'Orient en contournant l'Afrique : les navigateurs européens de l'époque recommandent en effet aux navires en route pour les Indes de faire une pause atlantique au Cap-Vert au printemps et une pause indienne aux Comores en septembre, afin de profiter au mieux des courants de mousson ; cependant ces navires préfèrent la sûre Anjouan à la dangereuse Mayotte, mais cette nouvelle prospérité ruisselle sur tout l'archipel. À sa mort, les Mahorais rejettent l'autorité de sa veuve alors établie à Anjouan, et élisent sa fille Moina-Alachora sultane de Mayotte, se séparant une nouvelle fois de l'autorité anjouanaise, et accentuant les tensions diplomatiques entre les deux îles.

Des Malgaches, essentiellement Sakalaves, prennent progressivement le contrôle du sud et d'une partie ponctuelle de l'est de l'île, et les Portugais entament des relations commerciales à partir de 1557, avec la visite de la flotte de Baltazar Lobo da Sousa.

Les relations avec l'Europe sont encore pratiquement inexistantes au  siècle : ainsi en 1751, l'Encyclopédie de Denis Diderot et Jean Le Rond d'Alembert évoque à peine Mayotte dans un article de deux lignes : « Mayotte, ile, (Géog.) Mayota insula, c’est la plus méridionale des îles Comorres. Elle est située, selon M. de Lisle, dans le canal de Mozambique. ». L'article « Comorres » est encore plus court. Un capitaine anglais de passage notait au début du siècle que « les pirates de Madagascar viennent souvent ici, de sorte que, à cause d'une rencontre toujours possible avec ces coquins, je n'en ferais pas un endroit sûr pour un petit navire seul, bien que le pays soit agréable. ».

De 1742 à 1791, le sultanat d'Anjouan réalise plusieurs tentatives pour conquérir le sultanat de Mayotte. De 1795 à 1820, les razzias des pirates malgaches (Sakalaves et Betsimisarakas) dépeuplent considérablement l'île, et le minbar en bois sculpté de la mosquée de Tsingoni est volé par des Anjouanais (où il est encore visible). Ces nombreux raids malgaches et anjouanais sont décrits en 1791 par le capitaine Pierre-François Péron dans ses Mémoires, qui assiste notamment à une expédition punitive anjouanaise sur Mayotte.

À la fin du  siècle, une riche famille omanaise de Zanzibar s'établit à Tsingoni et y fait fortune. Le principal héritier de cette famille (Salih ben-Mohammed ben-Béchir el-Mondzary el-Omany) épouse alors la fille du vieux sultan Boina Kombo ben Salim et devient héritier légitime du trône : après avoir abandonné l'Ibadisme pour le Chaféisme en vigueur dans la région, il devient sultan sous le nom de , jusqu'à sa mort en 1807 ou 1815 selon les sources. C'est notamment lui qui transfère la capitale de Tingoni à Dzaoudzi, localité alors plus facile à fortifier contre les attaques de pirates — Tsingoni est laissée à l'abandon.

Le dernier sultan shirazien, Mouana-Mâddi, est assassiné en 1829 : son fils Bana-Kombo (ou Bwana Combo) trouve refuge auprès du roi sakalave du Iboina à Madagascar, Andriantsoly, avec lequel son père avait conclu un pacte d'alliance. Andriantsoly aide le jeune Bana-Kombo à reconquérir son trône, et obtient en échange la moitié de l'île. Cet état de fait entraîna rapidement une rivalité entre les deux co-souverains, et après quelques batailles Andriantsoly exila Bana-Kombo à Mohéli. Celui-ci tenta alors de s'allier au sultan local d'origine malgache Ramanateka, qui préféra cependant le spolier pour devenir co-sultan de Mayotte à sa place. Ambitieux, il chasse Andriantsoly de Mayotte en 1836 pour régner sans partage sur l'île, mais regagne ensuite Mohéli. Andriantsoly s'allie alors au sultan Abdallah d'Anjouan pour récupérer l'île. Guerrier converti à l'islam et aussi diplomate respecté auprès des communautés swahilies et malgaches, Andriantsoly devient ainsi le sultan reconnu de l'île dont il s'efforce tant bien que mal de préserver la souveraineté malgré les continuelles hostilités et menaces. À la suite de la prise de Nosy Be (Madagascar) en 1840, les Français prennent connaissance de la présence de ce sultan, ancien roi sakalave, à Mayotte, qui demande une protection maritime.

Andriantsoly a hérité du sultanat en 1832 après avoir écarté Bwana Kombo (ou « Buanacombé », ou « Banakombo »), un fils de Mawana Madi, qui trouve refuge à Mohéli. Il doit alors défendre l'île contre les visées du hova Ramanetaka - devenu le maître de Mohéli sous le nom d'Abderahmane - et des sultans d'Anjouan, Abdallah puis Salim (1836). Andriantsoly souhaite préserver l'autonomie de son île face aux autres souverains comoriens. Or, dépourvu d'allié contre ces derniers et contre la monarchie malgache soutenue par la Grande-Bretagne, il se sait menacé. Il se tourne alors vers les rivaux des Britanniques, les Français, qui, eux aussi présents à Madagascar depuis 1643, viennent de s'emparer de Nosy Be.

C'est dans ce contexte que, le 25 avril 1841, le sultan vend Mayotte à la France alors dirigée par le roi . En échange il obtient du capitaine Pierre Passot (envoyé par Anne Chrétien Louis de Hell), une rente viagère personnelle de mille piastres (5 000 francs) et le droit d'élever deux enfants du sultan à La Réunion. Ce traité est ratifié officiellement par l'État français en 1843.

La souveraineté française sur Mayotte advient à un moment assez singulier, la France de Louis-Philippe n'ayant pas de politique coloniale en dehors de l'Algérie (conquise par son prédécesseur, Charles X). Cet événement est également indépendant du partage de l'Afrique issu de la conférence de Berlin qui n'aura lieu qu'après 1885.

L'abolition de l'esclavage à Mayotte est prononcée le 27 avril 1846 alors que l'île avait jusque-là été soumise à la traite arabe. À cette époque l'île avait environ 3 000 habitants presque exclusivement musulmans, dont entre un tiers et la moitié était des esclaves. Les espoirs français de développer à Mayotte un port et des plantations supposaient d'attirer davantage d'immigration depuis l'Afrique, mais le gouvernement avait conscience que l'arrivée de Noirs libres serait interprétée par les Britanniques comme de la traite déguisée, laquelle était interdite. En conséquence, le ministre de la Marine et des Colonies, Ange René Armand de Mackau suggéra au roi que le développement d'une économie de marché à Mayotte nécessitait de libérer les esclaves et d'indemniser leurs maîtres musulmans. Le Parlement français approuva, au printemps 1847, le financement nécessaire au paiement d'une indemnité de 200 francs par esclave. Le processus de libération commença en juillet 1847. Après la chute de la monarchie de Juillet causée par la révolution française de 1848, l'article 3 du Décret d'abolition de l'esclavage du 27 avril 1848, voté quelques mois plus tard, confirme l'abolition de l'esclavage dans l'île.

Mayotte demeure surtout une île vidée de ses habitants par des décennies de pillages, ainsi que par l'exode des anciens maîtres et d'une partie de leurs esclaves : la plupart des villes sont à l'abandon, et la nature a regagné ses droits sur les anciennes zones agricoles. L'administration française tente donc de repeupler l'île, en rappelant tout d'abord les Mahorais réfugiés dans la région (Comores, Madagascar…), en proposant aux anciens maîtres exilés de revenir en échange d'un dédommagement, puis en invitant des familles anjouanaises fortunées à venir s'implanter. La France lance quelques premiers grands travaux, comme la réalisation en 1848 du Boulevard des Crabes reliant le rocher de Dzaoudzi à Pamandzi et au reste de Petite-Terre. Jusque dans les années 1870, la présence française est essentiellement cantonnée à Petite-Terre et même quasiment au rocher de Dzaoudzi, qui constitue un fort naturel, un point d'observation et un port utile, ainsi qu'un site d'habitation réputé plus salubre que Grande-Terre, où sévit le paludisme. Une présence religieuse est attestée sur l'île dès 1844, mais aucune « mission civilisatrice » ni de conversion religieuse ne sera jamais entreprise, l'administration préférant s'appuyer sur les structures sociales existantes, notamment le conseil cadial en ce qui concerne l'état civil et la justice non criminelle.

Dans la foulée des Antilles et de la Réunion, le gouvernement français envisage de faire de Mayotte une île à vocation sucrière : malgré les fortes pentes, de vastes plantations sont aménagées, 17 usines sucrières sont bâties et des centaines de travailleurs étrangers (essentiellement africains, en particulier des Makwas du Mozambique) sont engagés à partir de 1851. Cependant, la production demeure médiocre, et la crise du sucre de 1883-1885 a rapidement raison de cette culture à Mayotte (qui venait d'atteindre son pic de production), ne laissant que quelques ruines d'usines dont certaines sont encore visibles aujourd'hui. La dernière usine sucrière à fermer fut celle de Dzoumogné en 1955. La mieux conservée, et désormais patrimonialisée, est celle de Soulou, dans l'ouest de l'île.

La conférence de Berlin s'achève en 1885 ; les puissances européennes y décident les règles d'appropriation des territoires africains et la France, déjà présente à Mayotte, va utiliser l'île pour prendre le contrôle de l'ensemble de l'archipel des Comores, dont la plus grande île est déjà contrôlée de fait par un potentat français, Léon Humblot. En 1886, les sultanats de la Grande Comore, Mohéli et Anjouan deviennent des protectorats sous la direction du gouverneur de Mayotte tandis que Mayotte, quant à elle, garde son statut de colonie. L'archipel des Comores devient alors les Îles de « Mayotte et dépendances ».

L'année 1898 est une des plus sombres de l'histoire mahoraise : l'île est frappée par deux cyclones successifs qui rasent presque complètement les habitations, ainsi que les plantations de canne à sucre. Le phénomène est suivi par un séisme et une épidémie de variole, qui dépeuplent l'île et ravagent les cultures, mettant fin aux espoirs sucriers de l'île hippocampe.

Mayotte se relève difficilement de cette période sombre, et il faudra attendre le  siècle pour voir réémerger une tentative de culture d'exportation, orientée cette fois-ci vers la vanille, le café, le coprah, le sisal, puis les plantes à parfum comme le vétiver, la citronnelle, le bois de santal et surtout l'ylang-ylang.

À partir de 1908, l'ensemble des Comores est intégré sous l'autorité du gouvernement général de « Madagascar et dépendances ». En 1919, au lendemain de la Première Guerre mondiale, est créée la Société des Nations (ancêtre de l'actuelle Organisation des Nations unies), laquelle reconnaît également la souveraineté française directe sur Mayotte et la légalité de son acquisition antérieure, ainsi que le statut de protectorats séparés sur les autres îles, qu'elle place sous sa tutelle, à charge pour la France de veiller à garantir leur propre intégrité. La différence de traitement entre Mayotte et le reste de l'archipel devient de plus en plus une source de tensions. L'ensemble de l'archipel reste contrôlé depuis Dzaoudzi.

En 1946, les protectorats des Comores et la colonie de Mayotte sont séparés administrativement de Madagascar et deviennent un territoire d'outre-mer (TOM). Après avoir refusé d'accéder à l'indépendance lors du référendum de 1958 organisé par le général De Gaulle, les Comores obtiennent le 22 décembre 1961 (loi 1968 par la loi 1961 à 1970, l'ancien député Saïd Mohamed Ben Chech Abdallah Cheikh est élu président du Conseil de gouvernement jusqu'à sa mort le 16 mars 1970. C'est durant cette période, en 1966, que la capitale du territoire est transférée de Dzaoudzi (Mayotte) à Moroni (Grande Comore), huit ans après la décision du transfert et au grand dam des Mahorais.

Au cours de cette période naissent les premiers mouvements politiques qui contestent le pouvoir de Saïd Mohamed Cheikh et, pour certains, réclament l'indépendance. D'autres, comme le Mouvement populaire mahorais (MPM), réclament au départ plus d'autonomie vis-à-vis des autres îles. Née en 1958, l'Union pour la Défense des Intérêts de Mayotte (UDIM) est un mouvement créé par un créole natif de Sainte-Marie, Georges Nahouda, un administrateur haut placé, pour départementaliser Mayotte. Son neveu, Marcel Henry, poursuit le combat avec la création du MPM à la mort de ce dernier la même année. Associé à une partie de l'élite mahoraise (dont Younoussa Bamana), Marcel Henry poursuivra le combat pour Mayotte française jusqu'au bout. Le MPM obtient le soutien d'une partie importante de la classe politique française.

Cependant, dans les années 1960, d'autres mouvements politiques voient le jour dont le parti « Serrez-la-main ». Ce parti revendiquait l'indépendance de Mayotte vis-à-vis de la France. Nombres d'échauffourées eurent lieu entre ce dernier et le MPM. Le MPM se radicalise et demande la séparation de Mayotte et des autres îles et notamment la départementalisation de Mayotte. Zakia Madi, parmi les leaders du MPM, est tuée lors d'une de ces manifestations entre parties opposées sur la jetée de Mamoudzou, à l'embarcadère de la barge. L'éclat d'une grenade lacrymogène est l'origine la plus probable selon les témoignages.

Le 25 août 1972, le Comité spécial de la décolonisation de l'Organisation des Nations unies inscrit l'archipel des Comores à sa liste des territoires devant accéder à l'autodétermination. Le 15 juin 1973, la France et les Comores signent des accords relatifs à l'accession à l'indépendance. Le 22 décembre 1974, la France organise aux Comores un référendum, précisant que « Les populations des Comores seront consultées » (le pluriel étant ici déterminant). Si le suffrage obtient dans son ensemble plus de 90 % pour l'indépendance du territoire, Mayotte se singularise en votant à 63,8 % pour le maintien des Comores au sein de la République française.

Un nouveau gouvernement français arrive au pouvoir en France et, conformément à une recommandation d'un groupe de parlementaires venus en voyage d'étude dans l'archipel, celui-ci envisage de respecter la volonté des Mahorais et de considérer le résultat « île par île ». Le président du Conseil de Gouvernement des Comores, Ahmed Abdallah Abderamane, déclare alors unilatéralement l'indépendance immédiate des Comores « dans ses frontières coloniales », sans que le processus prévu par les accords ne soit mené à son terme. Mayotte reste cependant sous administration française nonobstant la déclaration du gouvernement comorien. L'État comorien revendique Mayotte et refuse cette séparation qui remettrait en cause l'intégrité territoriale de l'archipel. L'Union africaine considère ce territoire comme occupé par une puissance étrangère^,. Le territoire se retrouve donc pris dans une contradiction entre deux principes fondamentaux du droit international : le droit des peuples à disposer d’eux-mêmes (en faveur d'une Mayotte française) et le droit à l’intégrité territoriale des États (en faveur d'une Mayotte comorienne).

Juridiquement, la France ne peut pas s'opposer à l'autodétermination et à l'indépendance des Comores (hors Mayotte) puisqu'elle n'y exerçait qu'un protectorat sous tutelle des Nations unies. Mais elle conteste l'indivisibilité de l'union des Comores avec Mayotte, qui est le fait de la création tardive (par loi interne) du territoire d'outre-mer dans l'Union française en 1946, fédérant (en préservant leur statut international respectif issu des traités) le protectorat des Comores (séparées en 1946 de l'ancienne colonie de Madagascar, devenue indépendante en 1960) avec la possession française de Mayotte (qui n'a jamais été sous tutelle des Nations unies mais acquise bien antérieurement, reconnue ensuite par la Société des Nations quand elle a été créée). Le statut de territoire d'outre-mer hybride (unifié par la loi interne de 1946, mais en deux parties séparées en droit international) sera conservé (de même que les anciens traités relatifs à la tutelle des Nations unies sur les Comores et à l'acquisition antérieure de l'île de Mayotte) quand sera créée plus tard entre 1958 et 1960 l'éphémère Communauté française, et ensuite la République française (où le territoire d'outre-mer continuait à avoir le double statut international). La résolution non contraignante des Nations unies s'appuie principalement sur les déclarations de volonté du gouvernement français faites seulement quelques mois avant l'organisation du scrutin d'autodétermination, qui n'ont pas la force contraignante de la loi (la France s'attendait même à ce que Mayotte vote aussi pour sa propre indépendance, comme les autres îles, mais a été surprise de l'importance du non à l'indépendance conjointe avec le reste des Comores, dans cette île française depuis plus longtemps même que d'autres départements français métropolitains et dont la souveraineté française n'avait pas été contestée avant 1958).

La France s'oppose depuis aux prétentions territoriales des Comores sur Mayotte, et sur l'indivisibilité de l'archipel qui n'a fait l'objet d'aucun traité international reconnaissant leur union (et les îles étaient elles-mêmes divisées en royaumes ou sultanats distincts avant même l'acquisition française de Mayotte). Les Comores, quant à elles, défendent aussi une position basée sur une coutume plus ancienne quand divers peuples (venant de différents empires médiévaux) allaient assez librement d'une île de l'archipel à l'autre ou ont pu les occuper partiellement, souvent par la force (mais sans réelle reconnaissance internationale de leur unité). Le 21 novembre 1975, le nouveau maître des Comores Ali Soihili atterrit clandestinement avec sa garde rapprochée à Pamandzi pour essayer de s'emparer de Dzaoudzi : la réaction rapide de la population mahoraise aboutit à un simple renvoi des intrus, sans violence.

En pleine guerre froide, la France a le projet d'y implanter une base militaire navale dotée d'un port en eau profonde. Ce projet ne verra pas le jour, mais sera compensé par l'implantation d'une station d'écoute du réseau satellitaire français d'espionnage des communications (réseau Frenchelon), mise en service en 2000 sur l'île de Petite-Terre : le centre d'écoute militaire des Badamiers.

Le 6 février 1976, la France oppose son droit de veto au Conseil de sécurité des Nations unies pour empêcher l'adoption d'un projet de résolution lui demandant d'engager des négociations avec le gouvernement comorien en vue de la rétrocession de Mayotte et de renoncer à la tenue d'un nouveau référendum^,.

Un second référendum a lieu le 8 février 1976^, et confirme par un taux de 99,4 % (82,8 % des inscrits, 17 845 voix pour et 104 contre) le choix de la population de Mayotte de rester au sein de la République française.

Par le vote de la résolution Assemblée générale des Nations unies, considérant ce référendum comme nul et non avenu, condamne la présence française à Mayotte, une résolution dépourvue de force juridique (« non contraignante en matière de droit international »). L'Assemblée générale de l'ONU s'appuie sur la déclaration du 14 décembre 1960 « sur l'octroi de l'indépendance aux pays et peuples colonisés », point . Dans sa résolution du 6 décembre 1994, l'Assemblée générale de l'ONU a rappelé et confirmé l'appartenance de Mayotte à l'État comorien à ses yeux. Depuis 1995, la question de Mayotte n'a plus été inscrite à l'ordre du jour de l'Assemblée générale de l'ONU, même si la menace en a régulièrement été brandie par les autorités comoriennes.

La France, de son côté, franchit un pas supplémentaire en instaurant, en 1995, les « visas Balladur » – du nom de l'ancien premier ministre –, obligeant les Comoriens à se doter d'un visa pour venir à Mayotte.

Le référendum du 29 mars 2009 sur la départementalisation est approuvé par 95 % des votants (soit 57 % des électeurs), confirmant par un troisième référendum la volonté de la population locale de rester française, plutôt que de rejoindre la nouvelle république fédérale islamique des Comores (puis l'union des Comores). L'organisation par la France d'un référendum sur la départementalisation de Mayotte est contestée par le président de l'union des Comores.

Le 31 mars 2011, le département de Mayotte est devenu officiellement le cent-unième département de France et son cinquième département d'outre-mer. À la suite de ce changement de statut, des négociations sont engagées avec l'Union européenne pour que l'île entre dans le territoire de l'Union, passant du statut de pays et territoires d'outre-mer (PTOM) à une région ultrapériphérique (RUP) le .

Fin 2021, un projet de loi organique est en cours d'élaboration pour que Mayotte devienne un département-région, au même titre que la Guyane et la Martinique.

Dès l'automne 2011, d'importants mouvements de contestation contre l'augmentation du coût de la vie viennent troubler la vie sociale et économique du nouveau département. Pendant plusieurs semaines, des manifestations se succèdent. L'île est progressivement paralysée et les actes de violence se multiplient. Des magasins sont pillés, des barrages sont montés. Les gendarmes mobiles chargent à plusieurs reprises ; un manifestant meurt dans ces affrontements et un autre est grièvement blessé. Les médias de la métropole observent un silence quasi-général sur les événements. Le gouvernement nomme alors un médiateur afin de dénouer la crise.

Depuis, les grèves pour les revendications de différents droits sont quasi-annuelles : beaucoup d'entreprises sont en situation de monopole (comme Total), et l'île est très facile à bloquer entièrement même pour un groupe réduit, n'étant pourvue que d'un seul port et d'une seule route principale, circulaire.

Mayotte a dû faire face à une grave pénurie d'eau en 2016 et 2017. La production en eau potable dépend en effet largement des précipitations dans l'île, qui a connu une situation de sécheresse critique due à une saison des pluies tardive fin 2016, début 2017. Les ressources proviennent à 80 % des eaux de surface des rivières et des retenues collinaires, ce qui rend l'île particulièrement vulnérable aux aléas climatiques. Est mise en cause aussi la vétusté du réseau de distribution, l'augmentation de la consommation (+20 % en quatre ans) et la déforestation massive. Pour remédier à ces problèmes, outre la livraison d'eau par tanker, il est prévu de nouveaux forages pour diversifier la ressource en eau, la construction d'une deuxième usine de dessalement d'eau de mer et la construction de la troisième retenue collinaire.

La montée en capacité des infrastructures, votée et budgétée, se faisant attendre (notamment du fait de détournements de fonds de la part de la société gestionnaire), les restrictions d'eau ponctuelles opérées depuis 2016 se sont faites de plus en plus fréquentes à partir de 2020 avec la mise en place de « tours d'eau », d'abord en saison sèche puis presque toute l'année à partir de 2022.

Fin 2023, une sécheresse exceptionnelle entraîne la fin de l'approvisionnement en eau potable au robinet et oblige l’État à organiser un pont maritime pour acheminer de l'eau en bouteilles gratuite, d'abord pour les plus démunis puis pour l'ensemble de la population, en attendant que les travaux pour augmenter la capacité d'approvisionnement voient enfin le jour.

En janvier 2018, à la suite d'une accumulation de violences ciblant des jeunes aux abords des lycées et des transports scolaires, plusieurs établissements et la société de transport scolaire font valoir leur droit de retrait, et plusieurs manifestations contre la violence, l'insécurité et l'immigration comorienne ont lieu. Le mouvement grossit à partir du 20 février pour déboucher sur une « grève générale », avec blocages routiers et opérations « île morte », ainsi que des manifestations de plusieurs milliers de personnes, soutenue par des élus locaux et métropolitains. Le 28 mars 2018, face au constat de l'enlisement du mouvement et aux débordements de plus en plus préoccupants de certains groupes de manifestants, Dominique Sorain, directeur de cabinet de la ministre des outre-mer, est nommé préfet de Mayotte et « délégué du gouvernement ». Malgré des réunions menées dès le week-end avec les acteurs du conflit et l'appel de l'intersyndicale et du Collectif à la levée des barrages routiers, de nombreux points de blocage subsistent les jours suivants. Le matin du 7 avril 2018, le préfet fait ouvrir par la gendarmerie le barrage entravant l'accès au port de Longoni. Les jours suivant, l'ensemble des barrages sont progressivement levés. Le 19 avril 2018, une délégation d'élus mahorais est reçue par le Premier Ministre et la ministre des outre-mer à Matignon. Édouard Philippe annonce les grandes orientations d'un plan de rattrapage pour Mayotte et aborde également la question des relations avec l'union des Comores, ainsi que des projets visant à la déconcentration des décisions, notamment par la création d'une Agence Régionale de Santé pour Mayotte et la création d'un rectorat de plein exercice.

Une nouvelle flambée de violences, plus brève mais non moins intense, s'est déroulée en octobre 2020.

En avril 2023, le ministre de l'Intérieur et des Outre-mers Gérald Darmanin lance l'« Opération Wuambushu », opération de décasage visant à raser de nombreux quartiers de bidonvilles et expulser des comoriens en situation irrégulière au nom de la lutte contre la délinquance.