Bayonne

Bayonne est située au sud-ouest du territoire français, à la frontière occidentale entre le Pays basque et la Gascogne, dans le département des Pyrénées-Atlantiques en région Nouvelle-Aquitaine. Elle s'est développée à la confluence de l'Adour et de son affluent en rive gauche, la Nive, à 6 côte atlantique actuelle, aux confins nord du Pays basque et sud de la Gascogne, là où le bassin aquitain rejoint les premiers contreforts du piémont pyrénéen. Elle est frontalière au nord avec le département des Landes, et la limite territoriale franco-espagnole se situe à une trentaine de kilomètres au sud.

Le site sur la rive gauche de la Nive et de l'Adour est probablement occupé avant l'Antiquité et une enceinte fortifiée est attestée au occupent le territoire. Des études archéologiques ont confirmé la présence d’un castrum romain, place forte de Novempopulanie, à la fin du vasconne.

La commune fait partie de la province basque du Labourd.

Les communes limitrophes sont Boucau, Tarnos, Anglet, Bassussarry, Lahonce, Mouguerre, Saint-Pierre-d'Irube et Villefranque.

Communes limitrophes de Bayonne

	Boucau	Tarnos (Landes)
Anglet		Lahonce, Mouguerre
Bassussarry	Villefranque	Saint-Pierre-d'Irube

Bayonne occupe un territoire caractérisé par un relief plat à l'ouest, ainsi qu’au nord en direction de la forêt landaise, tendant à s'élever légèrement quand on se dirige vers le sud et l'est, c'est-à-dire vers la zone pyrénéenne basque. Elle s’est fixée et s’est développée au point de confluence de l’Adour et la Nive, situé à 6 kilomètres de l’océan. Ce point de rencontre des deux cours d’eau coïncide avec un rétrécissement de la vallée de l’Adour. En amont de ce point, la plaine alluviale s’étend sur près de trente kilomètres de long et trois de large jusqu’à Tercis-les-Bains et Peyrehorade, et se caractérise par des barthes marécageuses, soumises à l’influence des crues et des fortes marées. En aval de ce point, le fleuve a façonné un large lit dans les sables dunaires. Le goulet situé à la confluence prend donc toute son importance.

L’occupation de la butte qui domine ce rétrécissement de la vallée, s’est développée par la conquête progressive des basses terres, par l’intermédiaire de remblaiements et de l’aggradation du sol inondable.

La Nive a joué un rôle prépondérant dans la mise en place du réseau hydrographique de Bayonne, au cours des temps géologiques récents, ainsi que dans la formation des terrasses alluviales qui constituent le sous-sol bayonnais, situées sous les accumulations superficielles de limons et de sables éoliens. En effet, le réseau de drainage du piémont pyrénéen occidental a évolué fortement au Quaternaire, et d’une direction sud-est - nord-ouest s’est orienté d’est en ouest. L’Adour a alors été capturé par les gaves et le système Adour - gaves par la Nive, d’où l’émergence d’un nouveau tracé du bas-Adour et la confluence Adour - Nive. Cette capture a pu être datée du début du Quaternaire récent (−80 000 ans).

Avant cette capture, la Nive avait déposé des galets mindéliens, de gros et moyens calibres, qui ont ralenti l’érosion des éminences et participé à contenir les hauteurs, à l’origine du goulet bayonnais. Après le dépôt de la terrasse alluviale la plus basse (altitude 10 à 15 mètres au Grand Bayonne), l’Adour a fixé son cours inférieur.

Postérieurement à ces dépôts est intervenue la remontée du niveau marin, datée de l’Holocène (de -15 000 à −5 000 ans), qui explique l’envahissement des basses vallées par des sables fins, des vases et des tourbes, sur une épaisseur de plus de 40 mètres sous les lits actuels de l’Adour et de la Nive à Bayonne. Ces mêmes dépôts se sont étalés dans les barthes.

Ainsi, au Quaternaire récent s'est formée la physionomie topographique que nous connaissons aujourd’hui, c’est-à-dire un ensemble de hauteurs dominant des basses terres marécageuses. Le promontoire de Bassussarry - Marracq, ultime avancée du piémont labourdin, venant mourir à la butte du Grand Bayonne, en est l’illustration. De même, sur la rive droite de la Nive, les hauteurs du Château-Neuf (butte de Mocoron) rencontrent la dernière avancée du plateau de Saint-Pierre-d'Irube (altitude 30 à 35 mètres). Sur la rive droite de l’Adour, les hauteurs de Castelnau — aujourd'hui de la citadelle, altitude 35 à 40 mètres — et du Fort — actuellement de Saint-Esprit, altitude 20 à 25 mètres — se dressent au-dessus des barthes de l'Adour et de la Nive, du Bourgneuf, de Saint-Frédéric et de Sainte-Croix, de l’Aritxague et des Pontots.

La superficie de la commune est de 2 168 hectares ; son altitude varie entre 0 et 55 mètres.

La ville est traversée par l'Adour. Ce fleuve, qui fait partie du réseau Natura 2000, prend sa source dans le massif pyrénéen du pic du Midi de Bigorre, au col du Tourmalet (Hautes-Pyrénées), traverse Tarbes (Hautes-Pyrénées) et Dax (Landes) pour se jeter dans l'océan Atlantique après Bayonne, à Tarnos (Landes) pour la rive droite et Anglet (Pyrénées-Atlantiques pour la rive gauche^,, après avoir parcouru 308 km.

Outre la Nive qui conflue en rive gauche de l’Adour après 79,3 Hillans et d'Urdaintz, arrosent également le territoire de la commune.

Historiquement, la commune est exposée à un micro climat océanique basque. En 2020, Météo-France publie une typologie des climats de la France métropolitaine dans laquelle la commune est exposée à un climat de montagne et est dans la région climatique Pyrénées atlantiques, caractérisée par une pluviométrie élevée (>1 200 .

Pour la période 1971-2000, la température annuelle moyenne est de 13,8 amplitude thermique annuelle de 12,9 . Pour la période 1991-2020, la température moyenne annuelle observée sur la station météorologique la plus proche, située sur la commune d'Anglet à 4 vol d'oiseau, est de 14,5 ^,. Pour l'avenir, les paramètres climatiques de la commune estimés pour 2050 selon différents scénarios d’émission de gaz à effet de serre sont consultables sur un site dédié publié par Météo-France en novembre 2022.

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Les noms de la province basque du Labourd et de la localité de Bayonne sont attestés depuis une période ancienne, le toponyme Bayonne s’imposant à la forme latine Lapurdum après une période durant laquelle les deux appellations pouvaient tour à tour désigner la vicomté ou l’évêché.

Labourd apparaît sous les formes In provincia Novempopulana tribunus cohortis Novempopulanæ in Lapurdo (), Lapurdum (Grégoire de Tours), Sancta Maria Lasburdensis (vers 980, titres du chapitre de Bayonne), lapurdiola — unique citation médiévale en basque, datant de 1110.

Labourd et Bayonne furent synonymes et employés l'un pour l'autre jusqu'au .

Le toponyme Bayonne est connu sous les graphies baiona (1063 et 1122), baione (1130, 1160 et 1198), Sancta Maria Baionensis, civitas de Baiona et Baione (respectivement début ^,), Bayona, et Bayone (respectivement 1248 et 1253, titres de la Camara de Comptos), Bayonne (1650, carte du Gouvernement Général de Guienne et Guascogne et Pays circonvoisins [sic]), Baïonne ( au .

Il résulte de l’énumération précédente que le nom Baiona ne s'est imposé donc qu'au début du . L'attribution à Bayonne de la Civitas Boatium, étape mentionnée dans l'Itinéraire d'Antonin, a, par ailleurs, été abandonnée ; la cité des Boïates correspondrait peut-être à La Teste-de-Buch, mais certainement pas à Bayonne.

Baiona est la forme en basque tout autant qu'en gascon moderne de Bayonne, « le nom de Bayonne pose toute une série de problèmes à la fois historiques et linguistiques qui n’ont toujours pas été élucidés ». Différentes interprétations ont été données à sa signification.

La terminaison -onne de Bayonne peut renvoyer à celle des nombreux hydronymes en -onne ou aux toponymes qui en sont issus. L'élément -onne procède, dans certains cas, du thème indo-européen *ud-r/n- (grec húdōr > hydro-, gotique watt « eau »), d'où *udnā « eau » > unna, donné onno dans le glossaire de Vienne. Unna se réfèrerait donc à l'Adour. Ce type toponymique évoquant un cours d'eau traversant une localité, voire transféré à cette même localité, est commun. L'appellatif unna semble se retrouver dans le nom de la Garonne (Garunna Charente (Karantona en 875) ou la Charentonne (Carentona en 1050).

Il pourrait également s'agir d'un augmentatif gascon à partir du radical d'origine latine Baia-, suivi du suffixe -ona au sens de « vaste étendue d'eau », ou d'un nom dérivé du basque bai « rivière » et ona « bonne », d'où « la bonne rivière ».

La proposition d'Eugène Goyheneche reprise par Manex Goyhenetche, et soutenue par Jean-Baptiste Orpustan, est bai una, « le lieu de la rivière », ou bai ona, « colline de la rivière » — Ibai signifie « rivière » en basque, et muinoa, « colline ».

« C'est peut-être perdre de vue les nombreux toponymes urbains qui en France, du nord au sud, sont nés de l'élément Bay-, Bayon-, tels Bayons, Bayonville, Bayonvillers et qui posent le problème hors des sentiers battus, gascon ou basque » ajoute Pierre Hourmat. Cependant, les formes les plus anciennes de Bayonne, Baiona, indiquent clairement un féminin ou un thème en -a, alors que ce n'est pas le cas pour la série des Béon, Bayon. En outre, Bayon- dans les Bayonville ou Bayonvilliers du nord de la France est manifestement le nom de personne germanique Baio.

Remarque : homonymie avec Baiona en Galice (Espagne), mentionnée au Bayona en espagnol^,.

Le gentilé est Bayonnais.

Le nom basque de Bayonne est Baiona. Il fut normalisé par l'Académie de la langue basque le 30 mars 2000. De ce nom dérivent deux gentilés également normalisés par Euskaltzaindia : baiones et baionar. C'est la première forme que privilégie l'Académie basque.

Son nom en gascon en graphie classique est Baiona [ba'junə]. Les deux langues sont historiquement parlées dans la ville. Le basque va prendre de l'ampleur à partir du  siècle avec l'industrie et l'arrivée de travailleurs basques originaires des communes voisines. Le 23 juin 2018, la communauté d'agglomération reconnaît officiellement les deux langues comme celles du territoire.

L’ancien moulin dit Balichon apparaît très tôt dans la topographie de Bayonne. Ainsi le cartulaire de Bayonne le mentionne-t-il en 1198 (Molendinum de la Mufala, Balaisson) et en 1259 (Balaichon, molin de le Muhale, molin de la Muffale et lo pont de Balaischon). De même on trouve dans les rôles gascons Baleyson (1331) et Baleychoun (1334)^,.

De nombreux topynymes désignant d’anciennes fermes de Bayonne apparaissent dans les dictionnaires topographiques, telles Bénac, Bouroutchourry ou Glain. Ce dernier lieudit est mentionné sous les graphies fons de Coquoanhes (1387, titres du chapitre de Bayonne) et Camps (. De même Largenté, toponyme toujours vivant — collège et lycée Largenté — désignait une ferme. Lesperon (ou L’Esperon) est mentionnée par le cartulaire de Bayonne en 1246 à Saint-Esprit et Montaigu, Les Murailles et Pé-de-Navarre par le dictionnaire topographique Béarn-Pays basque de 1863. Ce dernier dictionnaire mentionne également les hameaux Jean-d’Amou et Les Lauriers, et le château Weymann.

Le quartier Lachepaillet — le portau de Lachepailhet en 1516, titres du chapitre de Bayonne — porte le nom d'une ancienne porte de Bayonne, précédemment appelée portail de Tarride. Ce quartier s’appelle aujourd’hui les Arènes.

Le toponyme Pannecau — désignant actuellement un pont sur la Nive ainsi que la rue qui le prolonge — apparaît sous la forme Port de Bertaco (.

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Baiona est la forme en basque tout autant qu'en gascon moderne de Bayonne, « le nom de Bayonne pose toute une série de problèmes à la fois historiques et linguistiques qui n’ont toujours pas été élucidés ». Différentes interprétations ont été données à sa signification.

La terminaison -onne de Bayonne peut renvoyer à celle des nombreux hydronymes en -onne ou aux toponymes qui en sont issus. L'élément -onne procède, dans certains cas, du thème indo-européen *ud-r/n- (grec húdōr > hydro-, gotique watt « eau »), d'où *udnā « eau » > unna, donné onno dans le glossaire de Vienne. Unna se réfèrerait donc à l'Adour. Ce type toponymique évoquant un cours d'eau traversant une localité, voire transféré à cette même localité, est commun. L'appellatif unna semble se retrouver dans le nom de la Garonne (Garunna Charente (Karantona en 875) ou la Charentonne (Carentona en 1050).

Il pourrait également s'agir d'un augmentatif gascon à partir du radical d'origine latine Baia-, suivi du suffixe -ona au sens de « vaste étendue d'eau », ou d'un nom dérivé du basque bai « rivière » et ona « bonne », d'où « la bonne rivière ».

La proposition d'Eugène Goyheneche reprise par Manex Goyhenetche, et soutenue par Jean-Baptiste Orpustan, est bai una, « le lieu de la rivière », ou bai ona, « colline de la rivière » — Ibai signifie « rivière » en basque, et muinoa, « colline ».

« C'est peut-être perdre de vue les nombreux toponymes urbains qui en France, du nord au sud, sont nés de l'élément Bay-, Bayon-, tels Bayons, Bayonville, Bayonvillers et qui posent le problème hors des sentiers battus, gascon ou basque » ajoute Pierre Hourmat. Cependant, les formes les plus anciennes de Bayonne, Baiona, indiquent clairement un féminin ou un thème en -a, alors que ce n'est pas le cas pour la série des Béon, Bayon. En outre, Bayon- dans les Bayonville ou Bayonvilliers du nord de la France est manifestement le nom de personne germanique Baio.

Remarque : homonymie avec Baiona en Galice (Espagne), mentionnée au Bayona en espagnol^,.

Le gentilé est Bayonnais.

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Il est probable qu'il existait un village de pêcheurs sur le site de l'actuelle Bayonne au cours de la Préhistoire. En effet, de nombreuses traces d’occupation humaine ont été découvertes, datant notamment du Paléolithique moyen (découvertes faites à Saint-Pierre-d'Irube, localité limitrophe).

D’autre part, on relève la présence d’une butte d’environ 14 mètres de haut sur la rive gauche de la Nive (actuel quartier de la cathédrale), cette butte étant à l’époque cernée au nord et à l’ouest par les marécages de l’Adour. À son pied s’étend la « mer de Bayonne », au confluent des deux cours d'eau, qui peut avoir douze cents mètres de large environ entre Saint-Esprit et le Grand Bayonne et qui couvre totalement l’emplacement du Bourg-Neuf (quartier du Petit Bayonne).^[pas clair] Au sud, le dernier coude de la Nive s’élargit jusqu’aux collines de Saint-Léon^,. Malgré cela, le rétrécissement de la vallée de l’Adour permet un franchissement nulle part plus aisé sur toute la longueur de l’estuaire.

En conclusion, l’importance stratégique de cette hauteur était d’une telle évidence^{[réf. nécessaire]} qu’il est à présumer qu’elle a toujours été habitée.

Le site d'occupation humaine le plus ancien attesté est situé sur une butte qui domine la Nive et son confluent avec l'Adour^,.

Au moment de la conquête de la Gaule par Jules César (-58/-51), le principal peuple est celui des Tarbelles, qui occupe un territoire qui s’étendrait aujourd’hui du sud des Landes, au Pays basque français actuel, de la Chalosse, aux vallées de l'Adour, des gaves de Pau et d'Oloron. Dans le cadre de l'Empire romain, il devient une des soixante cités des Trois Gaules, avec pour chef-lieu Dax. À partir du règne d'Auguste, cette cité fait partie de la province d'Aquitaine (chef-lieu : Bordeaux), puis à partir du règne de Dioclétien (vers 300) de la province de Novempopulanie (chef-lieu : Eauze).

Au [réf. nécessaire].

Des découvertes archéologiques faites en octobre et novembre 1995 apportent un début de preuve à l'appui de cette projection. Dans les quatre couches du sous-sol, le long des fondations de l'actuelle cathédrale gothique (zone « chevet de la cathédrale »), on a trouvé à 2 mètres de profondeur des objets antérieurs à la fin du Montans imitant les productions italiques, des bols à parois fines et des fragments d’amphores. Dans la zone « secteur sud / porte du cloître » ce sont des objets de la deuxième moitié du .^[pas clair]

Une très forte probabilité de présence humaine, pas uniquement militaire, semble provisoirement s’imposer, confirmant l’occupation du site au moins autour du [réf. nécessaire]

Un castrum romain est avéré au Novempopulanie. Nommé Lapurdum, il a laissé son nom à la province du Labourd. La Notitia dignitatum imperii romani, qui date de 340-420 et qui énumère un certain nombre de fonctions civiles ou militaires cite en effet « In provincia Novempopulana tribunus cohortis Novempopulanae Lapurdo », c'est-à-dire « Dans la province de Novempopulanie, le tribun de la cohorte de Novempopulanie à Lapurdum ».

Selon Eugène Goyheneche, le nom de Baiona^[Quand ?] désignait la ville, le port et la cathédrale^[pas clair], et celui de Lapurdum était le nom du territoire.

Cette implantation romaine permet de surveiller les routes transpyrénéennes (notamment la voie romaine allant de Bordeaux à Astorga en Hispanie) et les populations locales insoumises. La construction couvre de 6 à 10 hectares selon les auteurs^,,.

Au moment de la fin de l'Empire romain d'Occident (476), la Novempopulanie est depuis quelques décennies sous la domination des Wisigoths du royaume de Toulouse. Elle passe en 507 sous la domination des Francs de Clovis, à l'origine de la dynastie mérovingienne. Vers 600, est institué le duché de Vasconie (ducatus Vasconiae), dont le territoire correspond approximativement à celui de la province de Novempopulanie, ultérieurement appelé duché de Gascogne (ducat de Gasconha). Le territoire du duché de Vasconie est compris entre la Garonne et les Pyrénées. Les Vascons (en latin Vascones, en grec Ouaskoonooï), peuple connu des auteurs grecs (Strabon) et latins (Pline l'Ancien) dès l'époque classique, sont des protobasques, mais le processus de romanisation aboutit à l'apparition d'une langue romane dans les plaines, le gascon, tandis que le protobasque se maintient dans les Pyrénées.

C'est à cette époque que Bayonne devient un siège épiscopal. Le premier évêque connu, un certain Sedulius, date seulement du milieu du Carolingiens, mais il est possible que le diocèse de Bayonne soit antérieur à cette date. L'évêque le plus connu est saint Léon, vers 900, qui serait mort lors d'une attaque viking. Deux autres évêchés apparaissent à cette époque, à Lescar et à Oloron, s'ajoutant à l'évêché de Dax (attesté dès 506). L'évêque de Bayonne est suffragant de l'archevêque d'Eauze, puis de l'archevêque d'Auch à partir de 830.

D'une façon générale, les informations précises sur Bayonne durant le haut Moyen Âge sont rares^,, à l’exception de deux intrusions des Normands, l'une douteuse (844), l'autre bien attestée (892).

La situation géographique de la localité, au carrefour du réseau fluvial orienté d’est en ouest et du réseau routier reliant l’Europe à la péninsule Ibérique du nord au sud, la prédisposait au double rôle de place forte et de port.

Lorsque la vicomté de Labourd est créée en 1023, Bayonne en devient la capitale. L’histoire de Bayonne proprement dite se signale en 1056, lorsque Raymond II le Jeune, évêque de Bazas reçoit la mission de relever l’Église de Bayonne^,.

La construction — sous l’autorité de Raymond III de Martres, évêque de Bayonne de 1122 à 1125, allié au vicomte Bertrand — de la cathédrale romane, antérieure à celle existant aujourd’hui, et celle du premier pont en bois sur l’Adour prolongeant le pont Mayou qui enjambe la Nive, inaugurent la grande époque de Bayonne. Depuis 1120 en effet, de nouveaux quartiers ont été créés sous la pression démographique. De cette époque date le développement des zones comprises entre la ville romaine du Grand Bayonne et la Nive tout d’abord, puis entre la Nive et l’Adour à l’origine de ce qui allait devenir le Petit Bayonne. Dans ce dernier quartier s'installent le couvent des Jacobins en 1225, et celui des Cordeliers vers 1247. En parallèle se développent la construction et des modifications successives des défenses de la cité, afin de protéger les nouveaux quartiers.

En 1130, le roi d'Aragon et de Navarre assiège la ville sans succès.

Bayonne fait partie du duché d'Aquitaine (capitale : Bordeaux) à partir du duchesse Aliénor d'Aquitaine, après avoir épousé le roi de France, puis avoir été répudiée, épouse en 1152 Henri Plantagenêt, comte d'Anjou, comte du Maine et duc de Normandie, qui devient roi d'Angleterre en 1154. Bien que le duché d'Aquitaine reste un fief du royaume de France, il est fortement lié au destin du royaume d'Angleterre pendant les trois siècles suivants, jusqu'à sa reconquête à la fin de la guerre de Cent Ans (Bayonne est prise en 1451, Bordeaux en 1453).

Bayonne bénéficie de nombreux privilèges commerciaux. Les Bayonnais deviennent les transporteurs des vins de Bordeaux et d'autres produits du Sud-Ouest comme la résine, le jambon ou le pastel vers l'Angleterre.

Bayonne est aussi une base militaire importante. En 1177, Richard Cœur de Lion la sépare de la vicomté du Labourd dont la capitale est transférée à Ustaritz.

En 1215, Bayonne obtient de Jean sans Terre une charte communale qui l'émancipe des pouvoirs féodaux, l'année même où LE roi accorde la Grande Charte à la noblesse anglaise. La publication en 1273 d’une coutume propre à la cité scelle pour les cinq siècles à venir la séparation entre Bayonne et le Labourd^,.

L’économie bayonnaise de cette époque se distingue par la part de la construction navale et de l'industrie du bois (chêne, hêtre et châtaignier des Pyrénées, pin des Landes étant en surabondance^[pas clair]. Elle se complète par l’activité maritime, qu’elle concerne des équipages pour la pêche à la baleine, la marine commerciale, ou, et il s’agissait souvent des mêmes à une époque où il était aisé de transformer tout navire de commerce en bâtiment de guerre, la marine royale anglaise^,.

C'est Dunois, compagnon d'arme de Jeanne d'Arc en 1429-1430, qui prend la ville le 20 août 1451, « sans trop faire de victimes » grâce à l'intervention de l'évêque qui assure avoir vu « une grande croix blanche surmontée d'une couronne qui se transforme en fleur de lys dans les cieux », vision opportune pour dissuader les Bayonnais de résister aux troupes royales^,.

La ville est tout de même frappée d’une indemnité de guerre de 40 000 écus d’or à payer en un an.

Après la fin de la guerre de Cent Ans, les rois de France sont dans cette région directement au contact du royaume de Castille, qui contrôle le territoire du Guipuscoa. Bayonne devient une place forte importante et les fortifications sont renforcées.^[Quand ?]

L'âge d'or de la ville s'achève à cette époque du fait d'une part du fait de la disparition des échanges commerciaux avec l’Angleterre mais aussi de l'ensablement du port de Bayonne provoquée par le déplacement du cours de l'Adour vers le nord.

En 1454, le roi Charles VII érige en circonscription judiciaire particulière la sénéchaussée des Lannes, simple subdivision de la Guyenne^[pas clair] pendant la période anglaise. Le vaste ressort de cette sénéchaussée couvre Bayonne, Dax et Saint-Sever en ce qui concerne la justice civile. La juridiction criminelle reste de la compétence de l'échevinage de Bayonne. Au fil du temps, le « sénéchal d'épée » des Lannes, qui réside à Dax perd tout rôle autre que protocolaire. Le pouvoir réel est exercé par les « lieutenants généraux du sénéchal » de Bayonne, Dax et Saint-Sever.

En mai 1462, après avoir signé avec le roi d'Aragon Jean II le traité de Bayonne (qui concerne le Roussillon et la Cerdagne), le roi Louis XI autorise par lettres patentes la tenue à Bayonne de deux foires annuelles. En juillet 1472, à la suite de la mort de son frère Charles, duc de Guyenne depuis 1469, Louis XI confirme les coutumes des habitants de Bayonne.

Au moment où l'Inquisition sévit dans la péninsule Ibérique, des Juifs, quittant l'Espagne et surtout le Portugal, s'installent à Saint-Esprit. Ils apportent avec eux le chocolat et la recette de sa préparation.

Le début du peste. La lecture des Registres permet de suivre son expansion. En juillet 1515, la ville de Bayonne fait « défense d'accueillir les gens des lieux pestiférés » et le 21 octobre, « l'on fait inhibition et défense à tous les manants et habitants de la présente cité […] d'aller en la paroisse de Bidart […] à cause de la contagion de la peste ». Le 11 avril 1518, la peste sévissant à Saint-Jean-de-Luz, la ville de Bayonne « fait inhibition et défense à tous les manants et habitants de la cité et autres étrangers d'aller entretenir des relations au lieu et paroisse de Saint-Jean-de-Luz où les gens sont morts de la peste ». Le 11 novembre 1518, la peste est présente à Bayonne, au point que le Conseil de ville s'installe en 1519 au quartier de Brindos (Berindos à l'époque) à Anglet.

En 1523, au début de la sixième guerre d'Italie, qui oppose François Ier à Charles Quint, empereur, chef de la maison de Habsbourg, roi de Castille et d'Aragon, le maréchal de Lautrec force, par une résistance héroïque, les troupes espagnoles de Philibert de Chalon, à lever le siège de Bayonne. C’est au Château-Vieux qu’est rassemblée la rançon demandée pour la libération de , fait prisonnier après la défaite de Pavie^, en 1525.

En 1565, pendant le Grand tour de France de Charles IX, une rencontre, appelée entrevue de Bayonne, a lieu entre Catherine de Médicis, mère de Charles IX, et sa fille Elisabeth, épouse du roi d'Espagne Philippe II (fils de Charles Quint). Elisabeth est amenée à Bayonne par un représentant du roi d'Espagne, Ferdinand Alvare de Tolède, duc d'Albe, qui profite de cette occasion pour négocier avec Catherine de Médicis, notamment au sujet de sa politique vis-à-vis des protestants.

À l’époque des guerres de religion (1562-1598), Bayonne semble relativement épargnée^[pas clair] par le conflit entre catholiques et protestants. La main de fer des dirigeants de la ville ne semble pas y être étrangère. En effet, ces derniers n’ont jamais hésité à utiliser sanctions pénales et violence pour faire régner l’ordre au nom du « bien public ». Deux frères, Saubat et Johannes Sorhaindo, tous deux lieutenants du maire de Bayonne dans la seconde moitié du catholicisme et protestantisme, mais ont toujours voulu assurer l’unité et le prestige de la ville.

La fonction de gouverneur de Bayonne, place frontalière et maritime d'importance stratégique, est, à partir du  siècle, héréditaire dans la maison de Gramont : le gouverneur, appartenant à la noblesse de cour, n'y fait que des séjours épisodiques en temps de paix et confie l'administration à un lieutenant de roi mais il est souvent présent pendant les guerres franco-espagnoles, d'autant qu'il cumule ses fonctions à Bayonne avec celle de gouverneur de Béarn et de Basse-Navarre et souverain de la petite principauté de Bidache.

Au Louis de Foix, sont dépêchés sur place pour réaménager le cours de l'Adour et creuser un estuaire pour fixer son lit. Le fleuve débouque au droit de l’océan le 28 octobre 1578. Le port de Bayonne reprend alors une plus grande activité. La pêche à la morue et à la baleine assurent la richesse des pêcheurs et des armateurs.

De 1611 à 1612, le principal du collège de Bayonne est Cornélis Jansen dit Jansenius (1585-1638), futur évêque d’Ypres (1636-1638), initiateur du courant janséniste dans l'Église catholique. Ainsi Bayonne est-elle un moment le lieu d'élaboration du mouvement qui va ensuite fortement agiter le règne de Louis XIV^,.

Au cours des révoltes sporadiques qui agitent les campagnes françaises du milieu du une arme nouvelle : ils fichent leurs couteaux de chasse dans les canons de leurs mousquets, confectionnant ainsi des lances improvisées, que par la suite on va appeler baïonnettes.

Vauban (1633-1707), chargé par Louis XIV de fortifier la ville, ainsi que de nombreuses places fortes du royaume, lui adjoint une citadelle bâtie sur une éminence surplombant le quartier de San Espirit deou Cap do Pount^[pas clair].

Au chambre de commerce est fondée en 1726. Les échanges avec l'Espagne, la Hollande, les Antilles, la pêche à la morue sur les bancs de Terre-Neuve, les chantiers de construction navale entretiennent une grande activité dans le port.

Au cours des traite négrière. Ce trafic est moindre que dans les autres ports de la façade atlantique (Nantes, Bordeaux, La Rochelle), mais on dénombre (de 1742 à 1826) dix-sept expéditions au départ de Bayonne, ce qui représente environ 5 000 captifs africains déportés vers les Antilles (notamment à Saint-Domingue, la principale colonie française d'Amérique tropicale à cette époque). L'importance du port de Bayonne dans le commerce colonial français permet aux négociants locaux de s'enrichir du trafic des denrées produites par les esclaves dans les plantations (en premier lieu le sucre).

Parallèlement, les chantiers navals de Bayonne construisent des navires pour les armateurs bordelais (l'historien bayonnais Mixel Estaban parle de 1 500 navires livrés à Bordeaux). Enfin, un grand nombre de Basques et de Béarnais partent s'installer comme colons auxAntilles, avec une réussite variable. Si certains font fortune en devenant propriétaires esclavagistes^[Qui ?], d'autres travaillent comme ouvriers agricoles, dans des conditions à peine moins précaires que celles des esclaves^[pas clair].

Dès le abolitionnistes, comme les frères Dominique et Joseph Garat. En 1793, sous la première République, Étienne Polverel, qui a été quelques années avocat à Bayonne, abolitionniste convaincu, est nommé « commissaire de la République à Saint-Domingue » , en proie depuis 1791 à une révolte des esclaves. Il décide l'abolition de l'esclavage à Saint-Domingue, mesure qui est entérinée par la Convention nationale par un décret du 29 août 1793 (l'abolition est étendue à toutes les colonies par le décret du 4 février 1794).

Lors des élections aux États généraux de 1789 (les premiers réunis depuis 1614), pour la sénéchaussée des Lannes (4 députés), aucune personnalité de Bayonne n'est choisie (voir la liste des députés aux États généraux de 1789).

L'Assemblée nationale constituante, avatar des États généraux à partir du 9 juillet 1789, prend plusieurs décisions qui mettent fin à l'Ancien Régime : suppression des privilèges, personnels et collectifs (4 août 1789), égalité des Français devant la loi (25 août), institution des communes et des départements (janvier 1790) : la ville de Bayonne devient une commune du département des Basses-Pyrénées, chef-lieu de canton, mais incluse dans le district d'Ustaritz.

La constitution civile du clergé (août 1790) établit un seul diocèse catholique par département, alors que les Basses-Pyrénées ont sur leur territoire trois sièges épiscopaux traditionnels : Bayonne, Lescar et Oloron.

Après la chute de Louis XVI (10 août 1792) et le passage à la République (21 septembre), Bayonne est renommée « Port-de-la-Montagne ».

Le quartier de Saint-Esprit, situé sur la rive droite de l'Adour, est séparé de la commune et d'abord renommé « Jean-Jacques Rousseau », devient une commune du département des Landes, qui sera réintégré à Bayonne le 1^er juin 1857.

Après l'arrivée au pouvoir de Napoléon Bonaparte (novembre 1799), Bayonne devient le chef-lieu d'un des cinq arrondissements créés dans les Basses-Pyrénées en 1800 (dont deux ont disparu en 1926 : Mauléon et Orthez), c'est-à-dire le siège d'une sous-préfecture.

Le concordat signé avec le pape en 1801, après huit ans de déchristianisation révolutionnaire, établit Bayonne, et non pas Pau, comme siège épiscopal des Basses-Pyrénées. L'évêque de Bayonne est aussi chargé à cette date des paroisses des Landes et des Hautes-Pyrénées (jusqu'en 1822).

En 1808, année où commence la guerre de Napoléon en Espagne, c'est au château de Marracq qu'est signé, sous « l'amicale pression » de l'empereur, l'acte d'abdication du roi d'Espagne Charles IV en faveur de Napoléon et qu'est promulguée la première constitution espagnole, dite « constitution de Bayonne ».

Le commerce, richesse de la ville au .

En 1814, alors que l'armée française bat en retraite sur tous les fronts, a lieu le siège de Bayonne par la coalition anglo-espagnole commandée par Wellington. Ce siège aboutit à la reddition des troupes françaises du maréchal Soult le 5 mai 1814 (Napoléon ayant abdiqué le 12 avril à Fontainebleau).

Dans les années 1850, le chemin de fer met Bayonne en liaison avec Paris, grâce à la construction de la ligne Bordeaux-Irun par la Compagnie du Midi. Le tronçon Dax-Bayonne est achevé en 1855. La gare de Bayonne est construite dans la commune de Saint-Esprit, landaise depuis 1792, qui redevient bayuonnaise en 1857 5°.

Cela permet le développement du tourisme à Biarritz. Bayonne se tourne plutôt vers la sidérurgie avec les forges de l'Adour. Le port prend alors une allure industrielle^[pas clair] mais son lent déclin semble inexorable en ce gisement de Lacq lui redonne un certain dynamisme. Les années 1860 voient l'achèvement du tronçon Bayonne-Irun (1864) et de la ligne Toulouse-Bayonne, construite de 1861 à 1867.

La ville se dote de trois lignes de chemin de fer secondaire qui la relient à Biarritz au début du tramway Bayonne-Lycée–Biarritz, est exploitée de 1888 à 1948. D’autre part, une ligne située plus au nord dessert Anglet, par l’exploitation du chemin de fer Bayonne-Anglet-Biarritz de 1877 et 1953. Enfin une ligne suivant l'Adour jusqu'à son embouchure, puis la côte de l'océan Atlantique par la barre à Anglet, est exploitée par les VFDM réseau basque de 1919 à 1948.

En 1856, sous le règne de Napoléon III, est conclu à Bayonne un traité frontalier avec l'Espagne (2 décembre). Ce traité règle un certain nombre de problèmes entre les deux pays, de l'embouchure de la Bidassoa à la limite entre la Navarre et l'Aragon. C'est ce traité qui formalise notamment le Pays Quint, au sud des Aldudes : un territoire espagnol sur le plan politico-militaire (Garde civile) sous administration économique de la France (Poste, aujourd'hui distribution d'électricité).

Les Bayonnais mobilisables à partir du 3 août 1914 participent à la première Guerre mondiale principalement dans le  régiment d'infanterie et dans son unité de réserve, le régiment d'infanterie qui sont engagés notamment au Chemin des Dames en 1917, plus particulièrement sur le plateau de Craonne. Pas moins de 700 Bayonnais meurent pour la Patrie durant ce conflit^,.

Un centre d’engagement pour volontaires étrangers est créé en août 1914. De nombreuses nationalités y sont représentées, en particulier des Espagnols, des Portugais, des Tchèques et des Polonais^,. Un centre de formation est créé pour ces volontaires ; les Polonais forment ensuite une unité appelée Légion des Bayonnais (Legion Bajończyków)

Le matin du 23 décembre 1933, le sous-préfet Anthelme reçoit Gustave Tissier, directeur du Crédit municipal de Bayonne. Il répond ainsi — avec un peu d’étonnement — à sa demande pressante d’entretien. Quelle n’est pas sa surprise de voir l’homme lui déballer ce qui devient l’escroquerie du siècle.

« Tissier, directeur du Crédit Municipal, a été arrêté et écroué à la maison d’arrêt, sous l’inculpation de faux, d’usage de faux et de détournement de deniers publics. Il a été émis pour plusieurs milliers de faux bons de Crédit Municipal […]. »

C’est le début de l’affaire Stavisky qui, de scandales en crises politiques, aboutit à l’émeute parisienne du 6 février 1934^,.

Durant la Seconde Guerre mondiale, Bayonne est occupée du 27 juin 1940 au 23 août 1944 par la troisième division blindée SS (Totenkopf).

Dans la nuit du 4 au 5 avril 1942, Bayonne est le théâtre de l’opération Myrmidon, tentative de débarquement franco-britannique.

Le 21 août 1944, après avoir fait sauter une vingtaine de navires dans le port, les troupes allemandes se retirent. Le 22, un dernier convoi de cinq véhicules traverse la ville, transportant des agents de la Gestapo et de la Feldgendarmerie. Un ou plusieurs d'entre eux tirent au pistolet-mitrailleur en passant près de la gare, tuant trois peronnes^,.

Le 23 août est installée une « délégation municipale spéciale » par le nouveau sous-préfet, Guy Lamassoure, représentant le gouvernement provisoire de la République française, proclamé à Alger au mois de juin 1944 et présidé par le général de Gaulle.

En 2014, est inaugurée la première mosquée de la ville. Elle subit deux attaques antimusulmanes en 2015 et en 2017^,.

Le 29 octobre 2019, un ancien candidat du Front national, qui s'était déjà fait remarquer pour des propos racistes et xénophobes, tente d'y mettre le feu, avant de tirer sur deux croyants septuagénaires, qui sont grièvement blessés.

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