Pugey

		Beure
	Larnod	N	Fontain
		O    Pugey    E
		S
		Chenecey-Buillon, Épeugney	Montrond-le-Château

Résultant de l'effondrement d'un anticlinal, le vallon occupé par le bourg est orienté nord-sud et encadré par deux falaises calcaires. Son sol est marneux et il se termine en cluse dans sa partie méridionale. On peut découvrir, dans les prés et bois, des dolines et lapiaz caractéristiques du relief karstique.

La présence de bancs de schistes marneux, ou fausse ardoise, affleurant de la falaise du vallon a donné l'espoir, au XIX^e siècle, de découvrir de la houille à proximité, mais les fouilles réalisées se sont révélées infructueuses.

Le ruisseau de Pugey prend sa source dans un bosquet situé sur la commune d'Arguel et parcourt le talweg du vallon en recueillant les eaux de ruissellement canalisées, puis un émissaire, alimenté par deux sources, à hauteur du lavoir. Il disparaît dans la perte de la Croix, 220 m après son passage sous la D.104.

Une autre perte, située au point bas de la commune, qui recueillait les eaux de ruissellement des prés environnants, est utilisée depuis 1986 pour l'évacuation des rejets issus de la station d'épuration.

La grotte de la Belle-mère s'ouvre dans une doline située face à l'entrée de la propriété du chalet d'Arguel sur le lieu-dit éponyme. Ses 78 m de développement pour 18 m de dénivellation attirent les spéléologues.

Près des Lhomme, une carrière de calcaire est exploitée épisodiquement.

À l'époque gauloise, le vallon de Pugey était traversé par une voie qui montait depuis Beure , franchissait le ruisseau des Mercureaux juste au-dessus de la cascade du Bout du Monde, gagnait Arguel puis donnait accès au premier plateau et la vallée de la Loue en franchissant la cluse de Pugey.

Pugey fut plus tard traversée par la route impériale 85 puis route royale 67 de Saint-Dizier à Lausanne. Cette voie montait de Beure jusqu'à la Maltournée, hameau de Larnod, et prenait la direction du village avant de se diriger vers Mérey-sous-Montrond via les bas du Bonnet-Rond et la Verte-Montagne (commune d'Arguel). L'itinéraire a été déclassé en 1848 au profit de Besançon-Tarcenay par Morre et le tunnel du Trou-au-Loup percé en 1846.

Les départementales 9, 104 et 141 traversent aujourd'hui la commune :

• le tronçon de la D 9 entre l'échangeur des Clairons et le haut de Bonnet-Rond n'existe que depuis 1990 ;
• la D 141 relie Pugey à Beure depuis 1849, date d'ouverture du tronçon contournant l'extrémité de la crête d'Arguel. En l'absence de chemin carrossable direct, les véhicules devaient précédemment emprunter la route royale 67 pour gagner Beure et Besançon.

La commune est desservie par la ligne  86  du réseau de transport en commun Ginko.

Le téléphone arrive au village peu avant la Première Guerre mondiale, une cabine publique étant ouverte en 1912.

Un bâtiment, près de la halle du marché, héberge, depuis 1975, les équipements de télécommunications fixes pour la commune et celles avoisinantes. Actuellement (avril 2021), l'internet fixe est disponible, suivant les opérateurs, avec les technologies FTTH, ADSL et VDSL2, 159 des 276 bâtiments de la commune (les plus proches du bâtiment Télécom), peuvent disposer d'un débit supérieur à 30 Mbits/s, pouvant aller jusqu'à 8 Gbits/s.

Depuis mars 2021, une centrale photovoltaïque de 23 kwc a été mise en service. Ses panneaux sont placés sur la toiture de la halle du marché. La production de la centrale correspond àux besoins en électricité de 31 personnes, hors chauffage et eau chaude.

Un pylône implanté au lieu-dit les Renchots, accueille les antennes G.S.M. des opérateurs de téléphonie mobile. 98,27 % des bâtiments de la commune sont couverts en standard 4G voire 4G+ par au moins un opérateur.

La commune est traversée par l'oléoduc sud-européen qui est parallèle à la D 104. Il y eut deux phases de pose à travers champs en 1961 et 1971.

Pugey, avec les 15 autres communes de Grand Besançon Métropole membres su Syndicat des Eaux de la Haute-Loue, a quitté celui-ci en février 2018. À l'issue du contrat d'affermage qui court jusqu'en 2028, ce seront les tarifs de la ville qui s'appliqueront.

Les eaux usées sont épurées à la station mise en service en 1986 au lieu-dit la Lune. Les eaux épurées sont déversées dans une perte, 140 m plus loin. Un projet de construction d'une nouvelle station est à l'étude en 2019.

En 2010, le climat de la commune est de type climat de montagne, selon une étude du Centre national de la recherche scientifique s'appuyant sur une série de données couvrant la période 1971-2000. En 2020, Météo-France publie une typologie des climats de la France métropolitaine dans laquelle la commune est exposée à un climat semi-continental et est dans la région climatique Jura, caractérisée par une forte pluviométrie en toutes saisons (1 000 à 1 500 .

Pour la période 1971-2000, la température annuelle moyenne est de 10,1 amplitude thermique annuelle de 17,4 . Pour la période 1991-2020, la température moyenne annuelle observée sur la station météorologique de Météo-France la plus proche, « Besançon », sur la commune de Besançon à 7 vol d'oiseau, est de 11,4 °C et le cumul annuel moyen de précipitations est de 1 157,0 mm. La température maximale relevée sur cette station est de 40,3 ^,,.

Les paramètres climatiques de la commune ont été estimés pour le milieu du siècle (2041-2070) selon différents scénarios d'émission de gaz à effet de serre à partir des nouvelles projections climatiques de référence DRIAS-2020. Ils sont consultables sur un site dédié publié par Météo-France en novembre 2022.

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Le nom de la localité est attesté sous la forme latinisée Pugiaco en 1133.

Il s'agit d'une formation toponymique gauloise ou gallo-romaine en -(i)acum, suffixe d'origine gauloise marquant la localisation, puis la propriété. Il est précédé d'un anthroponyme. Il s'agit peut-être du nom de personne gaulois Pugius, qu'on retrouve dans cette partie de la Gaule dans Pugieu (Ain, Pugiacum en 1256).

Concernant Bonnet-Rond, il est écrit Bois Noiron sur la carte de Cassini du attraction paronymique du mot français bonnet. Neiron représente sans doute un anthroponyme dérivé de neir « noir » en ancien français, cf. Néron, Nérot (Normandie, Est) dérivés de neir ancienne forme de noir, surnoms signifiant « noiraud », à moins d'y voir un « bois noir » comme dans Le Casque de Néron, montagne des environs de Grenoble qui était un Neiron, c'est-à-dire « Montagne noire ».

Divers artéfacts dont deux bracelets celtes datant du Hallstatt moyen-final (c’est-à-dire 500-400 av. J.C) ont été mis au jour lors de fouilles au « cimetière de Pugey ».

Il y a eu une occupation des lieux par un peuple germanique à la fin de l'empire romain comme le prouve l'inscription en caractères runiques découverte, en 1916, à Arguel, commune voisine^{[réf. nécessaire]}. Sachant que les Burgondes et Alamans, ont envahi le pays à partir du Ve siècle, cette pierre serait un témoignage de leur présence, et daterait de cette époque.

Au seigneuries d'Arguel puis de Chalon-Arlay. Les sires de Noironte et Bouclans prendront le relais aux , né en 1697, épouse Marie Thérèse Hermand de Varignolle veuve de Jean Fernand Lampinet, seigneur de Bouclans et Pugey. Il devient baron de Pugey, seigneur d'Osse, de Glamondans, d'Aigremont, Varignolle... mais principalement marquis de Bouclans en 1749. Il est admis au parlement de Besançon en 1729.

Pugey est ravagée par les Suédois de Bernard de Saxe-Weimar au début de cette guerre. En 1639, un chroniqueur décrit un bourg en ruines et déserté : « Le village était si chétif que jamais il n'y eut deux pignons entiers de pierre, ni toit couvert de tuiles ou de lave. Il s'écoule quatre ans avant que les villageois commencent à reconstruire leurs demeures ».

Le 10 novembre 1639, Pierre Mareschal, seigneur de Pugey, obtient du gouverneur général de la Comté de Bourgogne, la permission de fortifier sa maison en construisant une tour avec pont-levis et canonnières. Dès 1641 l'ouvrage disposait de 14 défenseurs, et 2 guetteurs étaient chargés de signaler l'approche d'ennemis.

Le 6 janvier 1640, les habitants de Pugey « à peine échappés des guerres et pestes » et dont le nombre avait été divisé par quatre en l'espace de 4 ans, demandaient à l'archevêque de Besançon l'autorisation d'utiliser les restes de la cure pour la réparation de l'église.

Une immigration conséquente eut lieu au milieu du XVII^e siècle, puisque, au dénombrement de 1657, 27 des 70 habitants venaient de Savoie.

Lors de cette guerre, des combats se déroulent, en janvier 1871, sur les communes voisines de Vorges et Busy. Du 26 janvier au 7 mars 1871, le chalet d'Arguel sert d'hôpital à des malades et blessés de l'Armée de l'Est. 49 d'entre eux décèdent sur place, essentiellement de maladie, et sont inhumés dans le cimetière communal.

Un recteur (maître) d'école, recruté par l'autorité religieuse, est en poste à Pugey dès le début du XVIII^e siècle. Le conseil municipal recrute un premier instituteur républicain en 1801. Les enfants de cinq à douze ans vont alors en classe sept heures trente par jour.

1910 voit la réunion des écoles de filles et garçons par suite d'une baisse de la population (et donc des enfants) de 30 % en 60 ans.

Des tranchées et positions de tir aménagées en août-septembre 1914 pour la mise en défense de Besançon sont encore en partie visibles au nord du fort, à la Malpierre, à la Cluse...

La commune accueille des civils du village de Ronvaux dans la Meuse fuyant les combats.

Une quarantaine de Pugelots ont été mobilisés durant ce conflit ; le monument aux morts porte les noms de dix d'entre eux (nés et/ou habitant Pugey en 1914), morts pour la France.

Des troupes allemandes s'installent dans les granges avec leurs chevaux durant l'hiver 1940-1941.

En 1942, des membres du groupe Guy Mocquet effectuent des essais d'explosifs dans le fort. L'armée allemande se livre à des exercices de tir au canon sur les embrasures est du fort.

Après la libération de Besançon, quelques prisonniers allemands sont mis temporairement à disposition des paysans. Ils étaient enfermés chaque soir dans le local à fromages de la laiterie (devenu bibliothèque municipale jusqu'en 2018).

Un chalet pastoral occupait ce site au XVII^e siècle de sorte que les fermes construites ici par la communauté des habitants du bourg d'Arguel seront appelées granges du chalet d'Arguel. En 1813, une loi impose aux communes la vente de leurs propriétés non affectées au service public via une caisse d'amortissement qui leur versera une rente ; les granges sont privatisées.

Des descendants des comtes d'Arguel font construire à proximité un pavillon de chasse.

Vers 1820, le hameau est rattaché à Pugey dans le cadre d'un remaniement cadastral.

En juillet 1864, M. de la Bertoche gère, au chalet d'Arguel, l'un des premiers troupeaux en France de lamas et d'alpagas. Le cheptel est décrit en 1865 dans le Bulletin de la Société zoologique d'acclimatation : "La propriété de M. de la Bertoche, dite Chalet d'Arguel, se trouve à 14 kilomètres de Besançon ; elle est située sur un vaste plateau en haut d'une montagne. 350 hectares de bois, terres, prairies et vignes, composent ce domaine. [...] Nous ne pouvions trouver un cheptel plus convenable sous tous les rapports pour l'acclimatation de nos Alpagas et Lamas."

En 1885, une chapelle domestique est ouverte dans la propriété du Chalet d'Arguel. Comme c'est mentionné dans le Bulletin des lois de la République française du 23 janvier 1885 : « Cette chapelle devra être exclusivement réservée à la dame d'Arneville et aux personnes de sa maison ». Le chalet de la Chapelle verra le jour sur la base de cet édifice.

En 1919, le docteur Henri Bon, spécialiste des voies digestives, acquiert le pavillon de chasse des comtes d'Arguel et y installe, avec Jeanne Bon, son épouse docteure en gynécologie médicale et pédiatre, une clinique spécialisée dans le traitement des maladies digestives. À sa retraite en 1951, la clinique évoluera vers la prise en charge des anorexies et dépressions (cures de sommeil). À partir de 1994, les sœurs de la Compassion de Villersexel en font une maison de convalescence et ce jusqu'en 2002 où l'activité est transférée à Besançon. Les bâtiments hébergent aujourd'hui un cabinet d'expertise comptable et des appartements.

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