Auxonne

Auxonne est établie à l'extrémité est du département de la Côte-d'Or, en bordure de la limite qui sépare les régions historiques de la Bourgogne et de la Franche-Comté. La ville se situe au centre de la Bourgogne-Franche-Comté, ce qui la place approximativement, en direction de l'ouest, à 30 kilomètres de Dijon, vers l'est, à 15 kilomètres de Dole, vers le nord, à 30 kilomètres de Gray, et vers le sud à 15 kilomètres de Saint-Jean-de-Losne.

Auxonne appartient à la région appelée la plaine de la Saône ; plaine qui constitue avec la Bresse l'unité géomorphologique du fossé bressan : vaste système d’effondrement datant du miocène, réunissant le fossé rhénan et le fossé rhodanien. La plaine de la Saône trouve ses limites au nord par le plateau haut-saônois, à l'ouest par les Côtes calcaires bourguignonnes, à l'est par les plateaux du Jura puis par la Bresse et au sud par le Beaujolais viticole. Cette plaine de Saône dont l'altitude s’abaisse de 250 m au nord à 175 m au sud est traversée par la rivière du nord au sud, sur plus de 150 km.

La ville d'Auxonne se situe plus précisément dans le ruban alluvial dénommé le Val de Saône ; cette bande de quelques kilomètres de large qui suit la rivière et dont les limites immédiates dans le secteur d'Auxonne, dix kilomètres plus à l'est, sont constituées par l'élévation du massif de la Serre qui se dresse à l'altitude de 400 mètres environ.

La ville s'est adossée à la rivière, entre deux de ses méandres, sur une terrasse de sa rive gauche, dont l'altitude variant entre 181  la met pratiquement à l'abri des inondations qui enveloppent la contrée lors des grandes crues.

	Athée	Poncey-lès-Athée	Flammerans
	Tillenay Villers-les-Pots	N	Peintre Chevigny
		O    Auxonne    E
		S
	Les Maillys	Billey Villers-Rotin Labergement-lès-Auxonne	Biarne

En 2010, le climat de la commune est de type climat des marges montargnardes, selon une étude du Centre national de la recherche scientifique s'appuyant sur une série de données couvrant la période 1971-2000. En 2020, Météo-France publie une typologie des climats de la France métropolitaine dans laquelle la commune est exposée à un climat semi-continental et est dans la région climatique Bourgogne, vallée de la Saône, caractérisée par un bon ensoleillement (1 900 .

Pour la période 1971-2000, la température annuelle moyenne est de 10,7 amplitude thermique annuelle de 17,6 . Pour la période 1991-2020, la température moyenne annuelle observée sur la station météorologique de Météo-France la plus proche, « Dole », sur la commune de Dole à 14 vol d'oiseau, est de 11,6 ^,. Pour l'avenir, les paramètres climatiques de la commune estimés pour 2050 selon différents scénarios d'émission de gaz à effet de serre sont consultables sur un site dédié publié par Météo-France en novembre 2022.

• dans le canton d'Auxonne :
  Athée, Billey, Flammerans, Labergement-lès-Auxonne, Les Maillys, Poncey-lès-Athée, Tillenay, Villers-les-Pots et Villers-Rotin ;
• dans le canton de Dole-Nord-Est (arrondissement de Dole, département du Jura, région Franche-Comté) :
  Biarne ;
• dans le canton de Montmirey-le-Château (arrondissement de Dole, département du Jura, région Franche-Comté) :
  Chevigny et Peintre ;
• dans le canton d'Authume (arrondissement de Dole, département du Jura, région Franche-Comté) :
  Rainans.

Le nom de cette commune se prononce à l'origine []. Son orthographe actuelle provient d'une habitude des copistes du Moyen Âge, consistant à remplacer les doubles « s » par une croix, ce qui n'en modifiait pas la prononciation. Il est de même pour la prononciation de Bruxelles et d'Auxerre dont le « x » se prononce « ss ». Cette croix assimilée au « x » du grec ancien, n'a été prononcée « ks » en français qu'à partir du . Certains étymologistes interprètent l'origine du nom de la commune comme ad Saône (« [ville] sur la Saône »).

Toutefois, dans l'usage actuel, la prononciation d'Auxonne est sujette à débat par ignorance. Les habitants, eux-mêmes sont partagés entre une la prononciation traditionnelle « ss » et, improprement, une prononciation usuelle « ks ». Les élus locaux prononcent « ss ». Les annonces SNCF retiennent la prononciation « ks » sur le quai des gares, mais prononcent « ss » à l'intérieur des trains.

Auxonne n'apparaît réellement dans l'histoire à travers les textes, qu'à la fin du  siècle. Cependant, le site d’Auxonne bien protégé par la Saône, fleuve paisible, nourricier et protecteur et les marécages qui occupaient jadis les « Granges », a laissé quelques traces d'occupation humaine. Les objets découverts dans les dragages de la rivière n’ont pas permis de déterminer le rôle joué par le passage de Saône aux diverses époques de la préhistoire mais ces objets sont les témoins d'une lointaine occupation humaine qui remonte au néolithique et qui a perduré aux époques celtique et gallo-romaine. Les quantités d'objets trouvés attestent qu'une bourgade a existé en ce lieu. Pierre Camp émet l’hypothèse qu’à l’époque du Bas-Empire romain un castrum était établi dans le voisinage de l’église actuelle. À cette époque le territoire sur lequel s'édifia la cité d'Auxonne appartenait au peuple celte des Séquanes. Ce peuple qui laissa le nom de Séquanie (ou Séquanaise selon certains auteurs) à cette région, bien plus étendue que la Franche-Comté actuelle, avait pour limites le Rhin, le Rhône, la Saône et les Monts Jura. La Séquanie devint une province romaine, la Provincia Maxima Sequanorum après la conquête de la Gaule par César. À la limite occidentale de la Séquanie, la Saône formait, sur une grande partie de son parcours une frontière naturelle qui séparait les Séquanes des Éduens et des Lingons. Avant l’arrivée du peuple Burgonde qui eut lieu dans la seconde moitié du  siècle, du temps de l’empereur Constance Chlore, à la fin du  siècle la région littorale à la Saône, de Chalon-sur-Saône jusqu’au-delà de Gray au nord, fut repeuplée par des colons germaniques. La rive droite de la rivière fut occupée par une colonie d’Attuariens et la rive gauche par des colons Chamaves (ou Amaves). Ces derniers donnèrent leur nom « pagus Amavorum », pagus Amaous ou encore pagus Amous à ce territoire dans lequel se développa ultérieurement la bourgade auxonnaise et dont le hameau de Saint-Vivant en Amaous garde le souvenir. Ce pagus Amaous apparaît nommé pour la première fois en 721 mais son existence est certainement plus ancienne. Ce pagus fut l'une des divisions territoriales de la Civitas Vesontionensium, division de l'ancienne cité romaine qui la constituaient.

Après la période romaine les terres de la Séquanie, dont le pagus Amaous, se trouvèrent incluses dans le royaume burgonde de 444 jusqu'à la chute de ce royaume en 534, puis dans la Bourgogne mérovingienne de 534 à 751 et enfin dans l'empire carolingien.

C'est à l'époque de la Bourgogne mérovingienne que certains historiens ont cru voir pour la première fois la mention du nom d'Auxonne dans les textes. La Chronique ecclésiastique de l'abbaye de Bèze écrite par un moine de cette abbaye nommé Jean fait mention d’une villa (villæ) nommée en latin « Assona ». D'après la chronique, ce lieu avait fait l’objet en 630 d'une donation d'un duc mérovingien de l'époque de Dagobert nommé Amalgaire à l'obscur monastère de Dornatiacum (disparu dès 658) pour sa fille Adalsinda. L’abbé Bougaud avec Joseph Garnier et Alphonse Roserot, ont identifié ce lieu (cette villæ) nommé Assona en Auxonne. Cette identification d'Assona en Auxonne est contestée par Lucien Millot et Pierre Camp deux historiens locaux. Lucien Millot fait remarquer que les évènements mentionnés dans cette chronique, écrite entre le  siècle et  siècle sont rapportés quatre siècles plus tard. Cette distance historique entre les évènements et leur transcription dans la chronique lui fait émettre des doutes sur la véracité de faits rapportés. Pierre Camp objecte que l'identification du vocable Assona en Auxonne ne peut en aucun cas être certaine, aucun élément ne permet de l'affirmer. Il explique qu'il pourrait tout aussi bien s'agir d'Auxon. À l'appui de leur argumentation L. Millot comme P. Camp relèvent que la chronique précise qu’Adalsinda fut contrainte de quitter son monastère pour trouver refuge à Bèze à qui elle transféra tous ses biens et dépendances. Ce transfert se serait effectué en 658. Mais un inventaire ultérieur à cette donation dressé à l'initiative de l'abbé Waldalenus et approuvé par un diplôme royal daté de 664 de Clotaire III ne mentionne pas le transfert de propriété et les noms d’Assona et des villages compris dans la donation de Brégille sont absents de l’énumération faite dans le document. Les deux historiens concluent que la Chronique de Bèze ne fournit aucune indication permettant d’attester l’existence d’une villæ nommée Assona pouvant être identifiée comme Auxonne. Aucun indice ne permet d'attester l'existence de la ville pendant le haut Moyen Âge.

Puis vint le moment des partages carolingiens qui vit l'œuvre politique des premiers représentants de cette dynastie s'écrouler. L'unité de leur royaume se déchira à jamais. Déjà en 839 le pagus Amaous est dans la part de Charles le Chauve mais reste rattaché à la Bourgogne franque. Puis en 843 le traité de Verdun scelle la division de la Bourgogne. La Saône trace, en principe, la limite entre les terres de Lothaire situées à l’est et celles de Charles situées à l'Ouest. Il y a désormais, à l’ouest, une Bourgogne franque (futur duché) et une Bourgogne jurane (futur royaume, dont comté) située à l'est de la Saône. La Saône qui, jusque-là avait été un lien entre les divers pays qui la bordaient, un lieu de circulation pour ses riverains, constituera pour des siècles, sauf pendant de courtes périodes, une frontière entre le duché et le comté de Bourgogne, entre le royaume de France et le Saint-Empire. Le pagus Amaous fut compris dans le lot de Lothaire. L'état ainsi créé dans lequel le territoire du futur comté de Bourgogne se trouvait inclus pris le nom de Lotharingie. Malgré les partages successifs et compliqués qui suivirent qui le transportèrent d'un royaume à un autre, le pagus Amaous et le territoire d’Auxonne allaient suivre les destinées du Comté de Bourgogne (future Franche-Comté) pour quelques siècles.

Il faut attendre la fin du  siècle pour voir apparaître le nom d'Auxonne dans des actes authentiques.

Le premier de ces actes est daté du « 5 des nones d'octobre 1172 ». Ce jour, Étienne II († 1173) fait le don aux moines de Citeaux de deux montées de sel au puits à muire de Salins. Le second est encore un don fait par le même Étienne aux moines de Saint-Vivant de Vergy de la moitié de l’éminage d’Auxonne pendant sa vie et la totalité de cet éminage après sa mort. Un second acte authentique portant la date 1173 comporte également le nom d'Auxonne. Par cet acte le comte Gérard, frère d'Étienne, approuve la donation de l'éminage faite à Saint-Vivant de Vergy. Ces documents apportent la preuve qu'à cette époque non seulement la ville existait mais qu'elle avait quelque importance. En 1178, on retrouve le nom d'Auxonne dans une bulle du pape Alexandre III donnée à Tusculum. Le pape confirme au prieuré de Saint-Vivant de Vergy toutes ses possessions et dons reçus des papes, rois, seigneurs et simples fidèles. Se trouvent dans l'énumération des biens le nom de l'église d'Auxonne et de la villa d'Auxonne et de toutes les dépendances. Cet acte indique que la villa d'Auxonne et l'église paroissiale étaient au XII^e siècle dans les possessions du monastère de Saint-Vivant, que le monastère avait un droit de suzeraineté reconnu par le comte et que la ville, à cette époque, était soumise à deux autorités. L'une religieuse et l'autre laïque. Les droits conservés de Saint-Vivant prouvent qu'ils comprenaient les territoires où s'éleva Auxonne.

Les relations du prieuré de Saint-Vivant avec Auxonne remontaient à une époque bien antérieure au  siècle. Selon la chronique de Saint-Vivant de Vergy, les religieux fondateurs de Saint-Vivant étaient arrivés de Gravion, en Poitou près du tombeau de Saint-Vivant d'où ils fuyaient les Normands. La Bourgogne au  siècle par son éloignement de l'Ouest et du Nord avait été le refuge des monastères du midi et de l'Ouest fuyant les invasions normandes, emportant avec eux les reliques de leurs saints fondateurs de leurs abbayes. Ils se rendirent auprès d’Agilmar (ou Egilmar), évêque de Clermont qui leur offrit l'asile. Agilmar possédait des biens considérables en Bourgogne. Il décida de les établir sur ses terres en Amous, où ils fondèrent le monastère pour lequel Agilmar imposa le nom de Saint-Vivant. Vers 870, prieuré et église étaient construits. La chronique ne nomme pas les villages composant leur domaine, mais leurs droits comprenaient les terres où s’élèveront Auxonne, Labergement-les-Auxonne, Menotey et Champvans-les-Dole. Ils étaient installés depuis une vingtaine d’années dans ce domaine quand le péril normand les rattrapa. Le roi Charles le Gros avait livré la Bourgogne aux envahisseurs par le traité de Paris de novembre 886. Dès janvier 887, les Normands envahirent la région. Un Champenois, nommé Austin se mit à la tête de l'une de leur bandes, ravagea la vallée de la Saône et détruisit le monastère de Saint-Vivant en Amaous^,. Le comte Manassès leur offrit asile en un lieu très sûr près du château de Vergy. Ils bâtirent un nouveau monastère qui conserva les propriétés en Amaous. Pendant leur séjour en Amaous, les religieux avaient créé un village autour de leur couvent et commencé à défricher la contrée ; « ils construisirent, dans une île, près de la Saône, des cabanes pour des pécheurs et des bergers. Telle serait l'origine modeste d'Auxonne ».

Les moines de Vergy gouvernèrent seuls pendant quelques siècles leurs possessions dans la contrée auxonnaise mais en ces périodes troublées il leur était difficile d’assurer la défense d’un domaine éloigné. Pour éviter de le perdre ils avaient trouvé plus sûr de le placer sous la protection d'un seigneur qui, moyennant une cession, une donation quelconque s’engageait en contrepartie à en assurer la défense. Les religieux de Saint-Vivant de Vergy avaient dû conclure un acte de pariage. Les premiers actes authentiques datés de 1172-1173 révèlent le nom d'Étienne II comme seigneur laïque du moment mais ils ne permettent pas de déterminer la date à laquelle a eu lieu l’inféodation. La bulle d’Alexandre III de 1178 mentionne un traité qui aurait été passé entre le prieur de Vergy et le comte Guillaume II de Mâcon comte de Vienne et de Mâcon, marié à Poncette de Traves, fille de Thibaut de Traves, sans en préciser la date. En l’absence d’autres indications les historiens se limitent à conclure que l’acte d’inféodation d’Auxonne est antérieur à 1155. Sur cet emplacement, le féodal aurait fait naître une cité neuve. Au moment de l'acte de 1172 on constate qu’un comte y était installé, un prévôt le secondait et un château « castrum » avait été construit à l’emplacement de l’hôpital actuel. Les comtes de Bourgogne qui possédaient déjà Biarne,Chevigny, Jouhe et sans doute Villers-Rotin avaient tout intérêt à compléter cet ensemble de domaine par la possession d’Auxonne, site facile à protéger, qui leur ouvrait une issue vers la Saône.

En 1102 à la mort du comte de Bourgogne de Bourgogne dit Têtes-Hardie, le comté de Bourgogne, les comtés de Vienne et de Mâcon, avaient été partagés entre Guillaume IV de Bourgogne (également appelé Guillaume III de Mâcon ; † en 1155) et Renaud III de Bourgogne, tous deux fils d’Étienne Tête-Hardie. Guillaume, le fils aîné semble-t-il, eut avec d'autres possessions, les comtés de Vienne et de Mâcon et la terre d’Auxonne. Renaud, probablement le puîné, eut le reste du Comté de Bourgogne. Guillaume consentit à l’hommage envers Renaud. Ce dernier continua la branche comtale de Bourgogne qui avaient retenu le titre de « comtes palatins ». De Guillaume son frère, dont la branche se qualifia aussi de comtes de Bourgogne, est sortie la maison de Chalon (qui accéda réellement au Comté, et pas seulement en prétentions, avec Hugues, arrière-arrière-petit-fils de Guillaume IV), en laissant à leurs cadets — titrés comtes de Vienne — le comté de Mâcon. Le comte Guillaume meurt en 1155 et son fils Étienne (Étienne II, qui décède en 1173 ; appelé parfois Étienne I^er) lui succède.

Étienne 1173) est comte d’Auxonne et l’essentiel de ses domaines se trouvent le long de la vallée de la Saône. Il possède en outre la seigneurie de Traves. Il était sans éclat écrivent certains historiens. À sa mort, son fils et successeur Étienne II ou III, comte d'Auxonne († 1241), devient le chef de la Maison de Bourgogne (-Comté). Il était ambitieux, maître de riches domaines, soutenu par les premières familles du pays et puissant. Il nourrissait quelques prétentions à supplanter la branche aînée et il y travaillait ostensiblement ne reculant devant aucun moyen pour parvenir à ses fins. Son but était d'assurer à sa descendance la plénitude du titre comtal. C'est avec lui que la famille commence son ascension.

Les comtes de Bourgogne de la branche palatine (issus de Renaud III), habitués depuis longtemps à vivre loin de l'autorité suzeraine germanique, profitaient de l'éloignement du pouvoir royal pour renforcer leur indépendance. Renaud III osait tenir tête à son suzerain l'empereur Lothaire II en refusant de rendre l'hommage du Comté. Lorsque Renaud III mourut en 1148 il laissa Béatrice de Bourgogne, sa fille mineure, seule héritière du Comté. Le frère de Renaud, Guillaume de Mâcon, associé depuis longtemps au pouvoir assura la continuité. Il tenta de poursuivre la politique d'élargissement de l'indépendance du Comté vis-à-vis de la tutelle impériale mais après la mort de l'empereur Conrad III (mort en 1152) il se heurta à son successeur, Frédéric Barberousse et dut se soumettre. Guillaume de Mâcon mourut le 20 septembre 1155. Le 9 juin 1156 Frédéric Barberousse épousa l'héritière du Comté, Béatrice. Par cet acte il réunit dans les mêmes mains le titre comtal et le titre impérial. Ce mariage affermissait sa légitimité sur le Comté. La branche saônoise, en la personne des deux fils de Guillaume, Étienne Gérard, bien que pourvue de seigneuries importantes (Traves, Scey, Auxonne, Lons, Mâcon et Vienne) lui donnant une place privilégiée au sein de la noblesse locale, était écartée de la succession de Renaud III. Étienne II mourut en 1173. Il laissa pour héritier un fils mineur, Étienne II ou III, sous la tutelle de son oncle Gérard, comte de Vienne et de Mâcon.

L'existence d'Étienne III fut remplie de ses démêlés avec les comtes de Bourgogne de la branche palatine. Préoccupés par les affaires italiennes les empereurs germaniques, en se détachant du lointain Comté de Bourgogne, favorisèrent l'émergence d'un chef de file, porte-parole de l'opposition féodale en la personne d'Étienne III d'Auxonne. Frédéric Barberousse mourut en 1190. Béatrice, la fille de Renaud III, en épousant l'empereur Frédéric Barberousse, transmit le titre de comte palatin à leur fils cadet , († 14 janvier 1201). Le comte palatin Othon . Dans l'empire, l'empereur Henri VI trouva la mort en 1197. Sa succession provoqua de graves troubles qui affaiblirent le pouvoir et privèrent Othon du soutien impérial. Étienne III profita de ce moment pour entrer en guerre contre le comte palatin et pour se renforcer rechercha l’alliance avec le duc de Bourgogne Eudes III. Afin d'obtenir son appui il lui fit hommage en 1197 de son château et de sa ville d’Auxonne. Une large brèche venait de s'ouvrir le long de la Saône dans la frontière du Comté. Cet acte comblait les ambitions de duc de Bourgogne. Il mettait un pied en Outre-Saône et se constituait avec la forteresse d’Auxonne une formidable tête de pont sur la rive gauche de la Saône. La rupture avec la branche palatine était consommée ; l'acte précisait que si Étienne voulait retourner à l'hommage du comte Othon, il devrait remettre au duc le château et la ville d'Auxonne.

Auxonne se détachait de la mouvance comtale pour entrer dans la mouvance ducale.

En 1237, le faible Othon III († 19 juin 1248 ; petit-fils maternel du comte palatin Othon d’Othon de Méranie († 6 mai 1234 ; gendre d'Othon Jean ? Le 15 juin de cette même année, aux termes d’un accord d’échange conclu à Saint-Jean de Losne entre Jean de Chalon (1190 - † 30 septembre 1267), personnage principal de l’accord, fils d'Étienne III, associé depuis longtemps aux affaires de son père et héritier de Béatrice de Chalon (1170 (n.s.) - † 7 avril 1227), sa mère, Étienne III lui-même et Hugues IV, duc de Bourgogne, la ville d'Auxonne et tout ce que Étienne III possédait dans le bassin de la Saône, étaient cédés au duc de Bourgogne contre la baronnie de Salins et une dizaine de positions stratégiques de première importance en Comté, alors possessions excentriques du duc de Bourgogne en Comté (cf. les articles Salins, Gaucher et Marguerite). L'annexion d'Auxonne au domaine ducal, complétant la reprise de fief effectuée en 1197, démantelait la ligne des places-fortes comtoises et ouvrait l'ancien comté d'Amous aux entreprises ducales. Par cet échange, en entrant sous la domination des ducs de Bourgogne, Auxonne devenait une tête de pont du duché sur la rive orientale de la Saône, en terre d'Empire, et échappait à l'influence germanique. Le rattachement d'Auxonne au duché de Bourgogne lui donna un statut de ville frontière entre duché et comté de Bourgogne, entre influence française et influence germanique qui déterminera les destinées de la ville pour les siècles suivants.

À l'abri derrière ses remparts qu'elle ne cessa de fortifier, la place forte fut une base de première importance pour lancer des opérations militaires : c'est depuis Auxonne qu’Eudes IV, en 1336, écarta la menace des barons comtois entrés en dissidence alors qu'il était leur souverain légitime depuis son mariage avec Jeanne de France, (1308-1347), héritière de la Comté. Entre 1364 et 1369 c’est au tour de Philippe le Hardi de lutter, depuis Auxonne, contre barons comtois, routiers des compagnies et Tards-Venus. En ce début du 1434 et 1444, nouvelle menace : celle de ces bandes de soldats désœuvrés que l'on qualifiait d'Écorcheurs parce qu'ils prenaient tout : les Auxonnais veillèrent aux remparts pendant que la redoutable soldatesque ravageait la campagne. Comme si tant de malheur ne suffisait pas, deux incendies à cinq ans d’intervalle, les 7 mars 1419 et le 15 septembre 1424, dévastèrent la ville.

Il fallut attendre 1444, pour retrouver une période de tranquillité qui dura jusqu’à l’avènement de Charles le Téméraire en 1467.

En 1468, à la suite du traité de Péronne, la tension se ranima entre le roi de France et le duc de Bourgogne Charles le Téméraire ; aussitôt, la cité s'activa à remettre ses défenses en ordre. En 1471, elle apporta sa contribution à la lutte contre l'armée du Dauphiné, envoyée par Louis XI qui pénétrait dans le duché. La politique aventureuse de leur fougueux duc avait finalement conduit sa dynastie à sa perte. À la mort du duc, le 5 janvier 1477, Louis XI s'empara sans délai du duché qui n'opposa pratiquement pas de résistance. L'armée royale rentra dans Dijon le 1^er février 1477.

Le statut particulier des terres d'Outre-Saône, qui n'étaient pas un domaine de la couronne donné en apanage, n'arrêta pas Louis XI dans sa conquête. Mais les Comtois se soulevèrent, suivis par les Auxonnais. Après deux ans de résistance face à l'envahisseur, après le Siège de Dole (1479) (carnage de Dole) du 25 mai 1479, laissée sans soutien par Marie de Bourgogne, Auxonne soutint le siège de l'armée royale commandée par Charles d’Amboise pendant une douzaine de jours, avant d'ouvrir ses portes, le 4 juin 1477, à l'envahisseur français. La ville, rattachée à la couronne de France, allait partager les destinées de la royauté.

Le duché de Bourgogne et le comté de Bourgogne, toujours réunis, mais cette fois sous la couronne de France, avaient changé de maître et allaient suivre pour encore quatorze ans, un destin commun.

En fin politique, Louis XI, en même temps qu'il confirma solennellement le maintien de tous les privilèges de la ville afin de s'assurer la fidélité de ses nouveaux sujets, s'empressa de construire, aux frais de toute la province, la puissante forteresse d'Auxonne qui domine toujours place de l'Iliote, afin de se prémunir contre toute tentative de rébellion.

Charles VIII défit ce que Louis XI avait fait. Alors qu'il était fiancé à Marguerite, la fille de Marie de Bourgogne, la riche héritière du duché de Bourgogne, et de de Habsbourg, et que dans la dot de sa future épouse figurait la Comté, il préféra épouser Anne, l'héritière de Bretagne et rapprocher ainsi l’important Duché de Bretagne du royaume de France.

Le traité de Senlis (23 mai 1493), signé entre Charles VIII et Maximilien, sépara à nouveau les deux Bourgognes. Auxonne redevint tête de pont française sur la rive Impériale et ses remparts devaient protéger le royaume de France des tentatives des Habsbourg de régler par la force la « question de Bourgogne », ces revendications des Habsbourg sur la Bourgogne.

Les tensions du côté de l'Empire ne tardèrent pas. Dès 1494, les guerres d'Italie les rallumèrent. À nouveau les remparts furent consolidés et la construction de la porte de Comté réalisée (1503).

Le 14 janvier 1526, le traité de Madrid signé après la défaite de Pavie, entre et Charles Quint, le roi de France fut contraint d’abandonner, entre autres territoires, la Bourgogne, et le comté d’Auxonne. Les États de Bourgogne, réunis le 8 juin 1526 refusèrent de se séparer de la couronne de France. En riposte, l’Empereur voulut conquérir le comté d’Auxonne. Devant les murs de la cité, Lannoy, commandant des armées impériales, trouva une résistance si vive de la part de tous les habitants qu'il dut renoncer.

En 1574, Charles de Lorraine, frère cadet d' de Guise, duc de Mayenne, celui que l'histoire a retenu simplement sous le nom de Mayenne, devient duc gouverneur de Bourgogne. Champion de la cause catholique, il prolonge les guerres religieuses en guerres politiques ; il œuvre à établir son propre gouvernement et se verrait bien ajouter la province bourguignonne à sa terre voisine de la Lorraine, terre du gouvernement des Guise. La mort du duc d'Anjou, frère d'Henri III en 1584, en faisant d'Henri de Navarre, un protestant, l'héritier présomptif de la couronne rendit à la Ligue une nouvelle activité. Les guerres civiles recommencèrent. Mayenne chercha à s'assurer, pour son compte, des places fortes de la Bourgogne. Le 2 avril 1585, les « Auxonnois » reçurent une lettre du roi Henri III leur recommandant de veiller à la sûreté de leur place et surtout « en n'y recevant pas le duc de Mayenne ».

Les Auxonnais, fidèles au roi, s'empressèrent d'exécuter les ordres. Jean de Saulx-Tavannes, gouverneur des villes et château d'Auxonne prit, dans un premier temps, les mesures imposées, puis renforçant secrètement la garnison du château, les habitants le suspectèrent de se concerter avec Mayenne dans l'intention de lui livrer la place. Conseillés par Joachim de Rochefort, baron de Pluvault (archives personnelles), les magistrats décidèrent de se saisir du gouverneur. Ils l'arrêtèrent le jour de la Toussaint 1585 alors qu'il faisait ses dévotions à l'église. Le comte de Charny, proche parent de Jean de Saulx, lieutenant général en Bourgogne, approuva cet acte de fidélité des Auxonnais à la Couronne. Le roi informé, loua les Auxonnais de leur fidélité, mais les concessions faites aux Ligueurs et consacrées par la signature du traité de Nemours le 7 juillet 1585 obligeaient Henri III à louvoyer. Il demanda aux Auxonnais de remettre Tavannes entre les mains de Charny et nomma Claude de Bauffremont, baron de Sennecey, connu pour ses sympathies mayennistes, en qualité de gouverneur des villes et du château d'Auxonne.

Dans la défiance la plus totale, flairant la trahison, les Auxonnais remirent Tavannes au comte de Charny qui le fit enfermer dans son château de Pagny, refusèrent Sennecey comme gouverneur et continuèrent à réclamer à sa place le baron de Pluvault. En janvier 1586, des nouveaux ordres du roi exprimèrent son mécontentement devant ces refus réitérés. La situation devenait difficile pour les Auxonnais, ils reçurent un encouragement dans la résistance de la part du futur Henri IV, qui de Montauban, leur adressa le 25 janvier 1586, une lettre d'encouragement. Pendant ce temps, Tavannes s'était échappé de sa prison de Pagny. Le premier usage qu'il fit de sa liberté retrouvée fut de tenter de reprendre Auxonne par surprise. Le 10 février 1586, il se présenta devant les murs avec deux cents hommes d'armes. La tentative resta vaine.

Le roi donna en mars 1586, d'autres ordres et injonctions pour que les Auxonnais reçoivent Sennecey comme gouverneur, les habitants tenaient toujours à Pluvault. Sa patience lassée, Henri III, par lettres-patentes du premier mai 1586, déclarait les Auxonnais coupables du crime de lèse-majesté, ordonnait d'agir par la force et des dispositions furent prises en conséquence. Les Auxonnais obstinés dans leur refus, mais fidèles à la couronne étaient prêts à l'épreuve de force. Ils refusèrent d'ouvrir les portes de la ville au comte de Charny qui fut obligé d'aller trouver le gîte à Tillenay, mais consentirent à les ouvrir au président Jeannin qui venait apporter sa médiation au sieur de Pluvault pour sauver Auxonne de la ruine. Jean Delacroix, (ou Jean de la Croix), un compatriote des Auxonnais, secrétaire particulier de Catherine de Médicis arrivait de sa députation vers le roi avec des lettres de créance pour le sieur Charny, lui donnant les pleins pouvoirs pour traiter avec les habitants.

Les négociations aboutirent à un accord arrêté et signé le 15 août 1586 à Tillenay. Le traité révoqua les lettres qui déclaraient les Auxonnais criminels de lèse-majesté, les exempta de contribution pour neuf ans et accorda une gratification de 90 000 francs au Baron de Pluvault. Ce traité fut approuvé par lettres-patentes du 19 août 1586 et le 25 du même mois le baron de Sennecey fut reçu et installé dans le gouvernement des villes et château d'Auxonne. Reçu par les habitants avec la plus grande méfiance, Sennecey se montra l'homme de la situation.

Auxonne est une tête de pont du Royaume de France sur la rive comtoise de la Saône. Cette position lui vaut d'être choisie pour recevoir en juin 1611 les délégations mandatées par le roi de France Louis XIII et les archiducs d'Autriche qui gouvernaient le Comté de Bourgogne, alors possession espagnole, pour délimiter le frontière entre le Royaume de France et le Comté. Leurs travaux aboutissent la signature du traité d'Auxonne signé le 15 février 1612.

La rivalité entre la France et l'Espagne fait que cette frontière reste disputée, comme en 1636 lors de l'opération menée par les Français en Franche-Comté durant la guerre de Trente Ans et qui s'est soldée par un échec. Louis XIV décide donc de fortifier la place d'Auxonne, et les travaux de fortification commencent en 1673. Cependant, les traités de Nimègue conclus en 1678 et 1679 consacrent l'annexion de la Franche-Comté par la France rendent ces fortifications inutiles. Vauban construit un arsenal en 1687-1689 ainsi que des corps de garde et une caserne à l'intérieur du château.

L'École Militaire d'Artillerie, créée en 1757, s'installe dans l'arsenal qui fabriquera les affûts de canon jusqu'en 1845. Cette école abrite le régiment de la Fère, qui est resté dans l'Histoire pour être celui auprès duquel un jeune lieutenant nommé Napoléon Bonaparte apprit en 1787-1789 son métier d'artilleur.

Au cours de la Seconde Guerre mondiale, Auxonne est libérée le 10 septembre par les troupes débarquées en Provence.

Le  régiment du train stationne à Auxonne.

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