Auxerre

La commune d'Auxerre se trouve au nord-ouest de la région Bourgogne-Franche-Comté, au centre du département de l'Yonne, dans la Basse-Bourgogne, une région de plaines sédimentaires, et en bordure du Bassin parisien. Elle est traversée par l'Yonne, un affluent de la Seine qui parcourt le département du sud vers le nord.

Auxerre est entourée par de nombreuses communes. Augy, Champs-sur-Yonne, Chevannes, Monéteau, Perrigny, Quenne, Saint-Georges-sur-Baulche, Venoy, Villefargeau, Villeneuve-Saint-Salves sont incluses dans la communauté d'agglomération de l'Auxerrois. Escolives-Sainte-Camille et Jussy sont dans la communauté de communes du Pays coulangeois.

	Perrigny	Monéteau	Villeneuve-Saint-Salves
	Saint-Georges-sur-Baulche, Villefargeau	N	Venoy, Quenne
		O    Auxerre    E
		S
	Chevannes	Vallan, Jussy, Escolives-Sainte-Camille	Augy, Champs-sur-Yonne

La ville d’Auxerre est établie en partie sur une butte de faible hauteur surplombant l'Yonne affluent de la Seine.

La superficie de la commune est de 4 995  ; son altitude varie entre 93 et 217 mètres.

La rivière Yonne, coulant du sud au nord, sert de limite de communes avec Champs-sur-Yonne puis Augy avant de traverser la commune et la ville d'Auxerre ; elle passe ensuite sur la commune de Monéteau.

Au passage elle reçoit plusieurs petits affluents. En amont d'Auxerre ce sont le ru de Quenne qui conflue en rive droite à la hauteur du moulin de Preuilly, puis le ru de Vallan confluant en rive gauche juste en amont du moulin du Batardeau. Côté aval d'Auxerre on trouve en rive droite le ru des Caillottes et son affluent le ru des Biaunes.

Le ru de Vallan fournissait les eaux les plus pures dans les alentours d'Auxerre ; ailleurs, celles-ci sont de qualité médiocre. Sur la colline, les seules sources d'eau étaient l'étang de Saint-Vigile (disparu depuis ; une rue, près de la préfecture, porte son nom) et la fontaine Saint-Germain.

En 2010, le climat de la commune est de type climat océanique dégradé des plaines du Centre et du Nord, selon une étude du Centre national de la recherche scientifique s'appuyant sur une série de données couvrant la période 1971-2000. En 2020, Météo-France publie une typologie des climats de la France métropolitaine dans laquelle la commune est exposée à un climat océanique altéré et est dans la région climatique Lorraine, plateau de Langres, Morvan, caractérisée par un hiver rude (1,5 .

Pour la période 1971-2000, la température annuelle moyenne est de 10,6 amplitude thermique annuelle de 16,5 . Pour la période 1991-2020, la température moyenne annuelle observée sur la station météorologique de Météo-France la plus proche, « Chablis_sapc », sur la commune de Chablis à 17 vol d'oiseau, est de 11,6 °C et le cumul annuel moyen de précipitations est de 740,3 mm. La température maximale relevée sur cette station est de 42,6 ^,,.

Les paramètres climatiques de la commune ont été estimés pour le milieu du siècle (2041-2070) selon différents scénarios d'émission de gaz à effet de serre à partir des nouvelles projections climatiques de référence DRIAS-2020. Elles sont consultables sur un site dédié publié par Météo-France en novembre 2022.

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Le toponyme Auxerre est issu du gaulois latinisé Autissiodorum ou Autessiodorum. Après avoir pris diverses formes latines, le nom évolua selon des formes françaises, parmi lesquelles Autcedre, Auceurre ( siècle) et finalement, Auxerre ( siècle).

En vertu d’une exception de la langue française, son nom se prononce [] (Ausserre : le « x » se prononce « ss »). En effet l’orthographe actuelle du nom provient d’une habitude des scribes du Moyen Âge, de remplacer les doubles « s » par une croix, ce qui n’en modifiait pas la prononciation. Cette croix assimilée au « x » du grec ancien, n’a été prononcée « ks » en français qu’à partir du  siècle, sans que cette modification ne change l’usage. Il existe d’autres exceptions en Bourgogne telles que Semur-en-Auxois (Semur-en-Aussois), Auxonne (Aussonne), Auxey-Duresses (Aussey-Duresses) ou Auxerrois (Ausserois) ; cette même prononciation de la lettre x concerne également Bruxelles (Brusselles) en Belgique et le nombre soixante (soissante), bien que Bruxelles soit issu de Bruocsella et soixante de sexaginta. Néanmoins, de nombreux journalistes des médias audiovisuels prononcent Auxerre [].

Il reste quelques traces de l'occupation de la Protohistoire. Du Bronze final ont été trouvés un enclos circulaire de 20  et des vestiges d'un bâtiment important avec fossé circulaire dans la rue Gérot qui a aussi révélé des structures de bâtiments de la Tène.

Datant de l'époque d'Hallstatt, la découverte d'un trépied en bronze d'origine étrusque permet de supposer que la route de l'étain passait par le territoire près du lieu où s'élève aujourd'hui la ville.

Auxerre, sous forme de simple bourgade, prend naissance au point d'élargissement définitif de la vallée de l'Yonne. La majeure partie de cette bourgade s'étale en rive gauche, dans la partie sud-ouest de la ville actuelle : plaine de Vallan, quartiers Saint-Pierre, Saint-Pèlerin et du pont aujourd'hui. Elle se trouve non sur la colline mais dans la plaine au sud d'Auxerre, où le ru de Vallan fournit alors à la plaine de l'eau très pure. À proximité, la rivière est franchie assez facilement.

Après la conquête de la Gaule, la ville romaine s'agrège à la ville gauloise ou, ce qui n'est pas établi, s'y juxtapose à l'ouest, jusqu'au mont Autric (place de l'Arquebuse).^{[réf. nécessaire]}

Auxerre est relativement pauvre en vestiges de l'époque romaine. Il reste peu de vestiges apparents de la cité gallo-romaine avec son temple à Phoebus, un amphithéâtre, des monuments publics^[Où ?] et des statues. Par contre les traces discrètes sont bien présentes et nombreuses^,. Les fouilles de l'abbé Merlange de 1968 à 1971, préalables à la démolition de la « maison Saint-Martin » en vue de son remplacement par un ensemble résidentiel au début de la rue de l'Ocrerie (en rive droite), révèlent des céramiques du  siècle dans les murs de l'église du Haut Moyen Âge^,, les céramiques résiduelles à l'hôpital de la Madeleine boulevard Davout ( au  siècle) et à l'église Saint-Pierre-en-Château place de l'Abbé-Deschamps ( au  siècle), les remblais gallo-romains boulevard Davout, les habitats antiques rue des Sénons et rue Louis-Richard, ceux de la rue du Viaduc ( au  siècle), le site notablement riche de la rue Gérot et du boulevard Vaulabelle avec une grande diversité d'habitats du au  siècle dont certains luxueux, des puits, silos, colonnades, portiques, jardins, cours et voie de passage, ou encore les habitations au lieudit Sainte-Nitasse près de l'ancienne nationale 6 ( au  siècle).

La présence des légions romaines assure la paix. Pendant les deux premiers siècles de l'ère chrétienne les échanges commerciaux sont actifs grâce à la présence de sa rivière et de ses routes ; Auxerre exporte ses vins et ses grains. La ville accède à la prospérité et le peuplement de la région s'accentue.^{[réf. nécessaire]} Les premiers chrétiens ( (église Saint-Pèlerin du III^e siècle, première église construite à Auxerre).

Les voies de communication se font également plus nombreuses - dont la grande voie romaine d'Agrippa de l'Océan (Lyon - Boulogne-sur-Mer) qui traverse Auxerre et Aussetodunum figure sur la table de Peutinger.

À partir du  siècle et pour les deux siècles suivants, la présence de bagaudes et l'invasion des Francs met fin à la prospérité de la ville. Auxerre se dote d'un rempart et un castrum de forme rectangulaire est construit en réutilisant les pierres des monuments publics et funéraires de l'époque romaine.
Les fouilles préventives en 2010 jouxtant la place des Véens au nord, environ 50 , ont révélé les premières traces d'occupation du site : des fours à chaux de 3 à 5 , creusés dans le limon du site, les uns façonnés dans le substrat, les autres maçonnés. Une grande partie des structures associées à cette exploitation a également été identifiée. Le site a été actif du , c'est-à-dire pendant la construction des premiers remparts au pied duquel ils se trouvaient. Le type de calcaire transformé est d'ailleurs le même que celui qui a servi à la construction desdits remparts. L'endroit a ensuite été inoccupé pendant près de 4 siècles avant qu'un grand fossé y soit creusé le long des remparts pour servir de latrines et de fosse à déchets, eaux usées, etc.

Vers 258, le pape envoie Pèlerin, citoyen romain de noble famille, évangéliser l'Auxerrois.

Avant de subir le martyre à Entrains (Nièvre), en 303, Pèlerin avait élevé à Auxerre une église primitive (église Saint-Pèlerin), là où existe l'église reconstruite au  siècle qui lui est dédiée, dans la rue qui porte son nom.
Selon la tradition, le puits Saint-Jovinien dans le sous-sol de l'édifice serait le baptistère des premiers chrétiens d'Auxerre.

Sous Dioclétien (284-305), Auxerre est détachée de la civitas de Sens et érigée en chef-lieu de civitas, circonscription administrative soumise à l'autorité administrative d'un comte. Cependant il est incertain qu'Auxerre soit érigée en diocèse avant l'édit de Milan (313) qui institue la liberté des cultes. Le premier évêque d'origine locale est saint Amatre (év. 386-418).

La présence chrétienne à Auxerre est donc relativement précoce.

À la fin du  siècle, Auxerre se relève à peine de l'incendie et du pillage que les Alamans et les Francs lui font subir en 275-276, que de fortes menaces se précisent aux frontières de l'Empire où s'agitent des peuplades barbares attentives à la décadence romaine.

Conscients de la menace d'un plus grand danger, les habitants s'emploient alors à édifier des fortifications derrière lesquelles ils seraient alors à l'abri des incursions.

Ils choisissent pour emplacement de défense l'élévation de terrain que domine aujourd'hui la cathédrale, surplombant l'Yonne, défense naturelle (4 Paris ne faisaient que 9 ha). Les limites sont la rue des Boucheries et la rue Lebeuf.

Dans cet enclos s'élève la résidence des comtes, protégée par cinq tours. La base de la tour Saint-Alban et le soubassement de celle de l'Horloge sont les seuls restes que l'on puisse apercevoir de cette enceinte qui perdure jusqu'au  siècle.

La solidité des murailles assure l'intégrité de la ville pendant les grandes invasions germaniques de 407. Mais ses faubourgs n'échappent pas au saccage des Huns en 451, dont les dévastations la privent d'évêque pendant dix ans. Les territoires passent ensuite sous le commandement militaire des comtes, les évêques partageant leur activité entre les préoccupations guerrières et l'organisation de leur diocèse.

Les saint Amâtre et surtout par saint Germain, noble gallo-romain converti qui fait à l'église d'Auxerre d'importantes libéralités. La renommée de Germain, entourée d'une légende merveilleuse, ne cesse de grandir après sa mort. La reine Clothilde, femme de Clovis, remplace l'oratoire où Germain avait choisi de reposer, par une basilique qu'elle fait construire à Auxerre et qu'elle lui dédie: l'abbaye Saint-Germain. Leur quatrième fils, Childebert, fait construire à Paris près du Louvre l'Église Saint-Germain-l'Auxerrois.

Pendant les trois siècles qui suivent, les évêques, font du monastère la base de la floraison spirituelle et artistique qui caractérisent le Haut Moyen Âge.

La faiblesse mérovingienne, l'esprit de corruption, les rivalités guerrières, l'insécurité généralisée ouvrent au  siècle une ère de désordre. Charles Martel s'empare des richesses de l'église et confisque l'Auxerrois ; ce n'est qu'au  siècle que l'évêque d'Auxerre recouvre la souveraineté qu'il a perdue sur les établissements religieux de la ville.

Pendant ce temps, les évêques d'Auxerre n'ont pas négligé leur mission. Dès le Saint-Pèlerin (première (église d'Auxerre), Saint-Étienne, Saint-Germain, Saint-Pierre dont les églises, reconstruites, sont parvenues jusqu'à nous ; Saint-Amâtre, Saint-Martin dont il subsiste quelques vestiges de la reconstruction ; Saint-Marien, Saint-Julien, Notre-Dame-de-la-Cité, disparues ; oratoire Saint-Symphorien sur le Mont-Artre.

Le  siècle voit s'élever de nouveaux monastères hors de l'enceinte de l’époque. Vers 634 l'évêque Pallade transfère le monastère Saint-Julien, qui acquiert plus tard trois basiliques juxtaposées et deux oratoires. Il fonde aussi le monastère Saint-Eusèbe. Vigile, son successeur, fait édifier l'abbaye disparue de Notre-Dame-la-d'Hors (hors les murs de la ville) qu'il destine à sa sépulture.

Au  siècle l'évêque d'Auxerre Humbaud fonde les monastères Saint-Marien, Saint-Père, Saint-Gervais et des Îles.

Une première urbanisation se dessine, avec un peuplement progressif autour des communautés religieuses. Faisant leur apparition à l'époque carolingienne, les paroisses, à leur tour, viennent se superposer aux domaines monastiques.

Au abbaye Saint-Germain, qu'illustrent des érudits comme Murethach, Haymon d'Auxerre, Heiric d'Auxerre et Remi d'Auxerre. Son rayonnement intellectuel touche tout l'Occident chrétien.

Les invasions normandes ont épuisé le pays. Abbés et prélats ont ceint l'épée. En 912, saint Géran, évêque d'Auxerre, défait les Normands à Saint-Florentin.

L'Auxerrois et le Sénonais sont réunis à la Bourgogne de Richard le Justicier (†921). Ces deux comtés sont récupérés par la robertienne Emma, épouse du roi Raoul, fils de Richard.

Le comté d'Auxerre reste sous contrôle robertien jusqu'à la mort de duc de Bourgogne († 15 octobre 1002) sans héritier de sang. Son fils adoptif Otto-Guillaume est donc en mesure de lui succéder face à son neveu, le roi Robert II. Une guerre éclate, le roi s'allie à Richard de Normandie. Ils échouent devant Auxerre (10 novembre 1003) et devant Saint-Germain (fin novembre 1003) tenus par Landry de Nevers, gendre et allié d'Otte-Guillaume; de dépit, il met la région à sac. À l'été 1005, le roi et Richard II reviennent dans le nord de la Bourgogne et soumettent définitivement Auxerre et Avallon.

En 1023, le concile d'Héry a lieu pour y faire certains règlements dans l'intérêt de l'Église, et réclamer du ciel l'apaisement des calamités et des fléaux dont le peuple était accablé - les années 1022 à 1024 étant celles de la crise de succession champenoise. Le concile s'est tenu à l'extérieur de la cité car un incendie ravagea en 1023 la cathédrale Saint-Étienne, ainsi qu’une grande partie de la ville.

Outre la famine qui règne vers l'an 1030, Auxerre subit un second grand incendie. Seule l'église Saint-Alban, que saint Germain avait bâtie dans le haut de la cité, échappe au premier incendie : la cathédrale est réduite en cendres. L'évêque Hugues de Chalon, au lieu de la rebâtir de moellons, comme auparavant, en jette les fondements sur le roc avec des pierres de taille ; il demande une enceinte d'une plus grande étendue, et il y fait faire les grottes ou cryptes telles qu'on les voit encore aujourd'hui sous le sanctuaire et sous la moitié du chœur. L'ouvrage est déjà bien avancé lorsque arrive un second incendie ; mais l'église est indemne, et le feu ne touche que quelques maisons.

1039 voit renaître les guerres de Bourgogne. L'évêque devient indépendant du comte Renaud sur arbitrage de saint Bernard, et suzerain d'une partie de la ville.^{[réf. nécessaire]}

Les différends qu'il soutient, notamment en 1166 contre le comte de Chalon, incitent le comte Guillaume IV à protéger les faubourgs de la ville. Dans la , soit vers 1166, une deuxième enceinte fortifiée est hâtivement construite (sur 4 Yonne, comme la première, mais englobant largement abbayes et monastères. Les boulevards, aujourd'hui séparant les villes ancienne et moderne, en figurent exactement le tracé.

Le fait que la ville ait pu se satisfaire de ses limites médiévales pendant près de six siècles est caractéristique de l'absence de vigueur de l'économie rurale confinée qui était celle de la région.

En 1183, l'évêque de la ville Hugues de Noyers prend la tête de la répression armée du mouvement égalitaire des Capuchonnés.

À la fin du  siècle et au début du  siècle Auxerre reçoit plusieurs fois des chartes d'affranchissement : en 1188, en 1194, en 1215 et 1223.

En 2005 et 2006, des campagnes de fouilles effectuées dans le quartier des Brichères ont permis de délimiter plus précisément l'occupation médiévale du .

Pierre de Courtenay, le plus illustre des comtes d'Auxerre (1185-1219) et cousin germain de Philippe Auguste, achève en 1192 la deuxième enceinte de la ville commencée en 1166 par Guillaume IV de Nevers. Sa fille Mathilde († 1257) attache son nom à l'octroi des franchises communales.

La présence des Juifs auxerrois est attestée dès le  siècle grâce à une lettre de Rachi, rabbin exégète érudit et vigneron, adressée aux talmudistes de la région bourguignonne.

La synagogue d'Auxerre devient plus tard l’église Saint-Regnobert, et l'évêque catholique Hugues de Noyers obtient du comte Pierre de Courtenay qu’il les chasse de leur quartier, vers 1200. Les Juifs s'installent alors rue Saint-Jacques qui devient plus tard « rue des Juifs » ou « rue du Puits-des-Juifs » à cause d’un puits qui s’y trouve - devenue l'actuelle « rue du Pont ».

Un des quartiers juifs se situait près de la Porte Féchelle et la synagogue un peu plus haut, au milieu de la ville médiévale. L'actuelle place des Cordeliers recouvre l'ancien cimetière juif d'Auxerre. Une pierre d’un mur de la Tour de l’Horloge fondée en 1485 contient également une inscription hébraïque.

Les Juifs sont expulsés de la ville à plusieurs reprises entre 1184 et 1393. « En 1398, les habitants obtinrent enfin du Roi des lettres-patentes pour les expulser de la ville, « attendu que leur commerce était nuisible aux gens du pays ». La populace fut autorisée à brûler leurs papiers et leurs débiteurs furent déclarés libérés de leurs dettes ». Dès lors, il n'est plus fait mention des Juifs dans l’histoire de la ville pendant des siècles.

Les Juifs auxerrois feront à nouveau partie de la ville avec le vent d’émancipation de la Révolution française. Néanmoins, on ne trouve plus que 70 Juifs à Auxerre, à la veille de la Seconde Guerre mondiale.

Lors de la guerre de Cent Ans, en janvier 1358 l'anglais Robert Knolles et ses routiers attaquent Auxerre et s'emparent de la ville par surprise le 10 mars 1358, la mettant en pillage et, faute d'avoir reçu le tribut exigé, rasent à leur départ en 1359 les remparts de la ville. Ces derniers sont reconstruits en 1402 grâce à l’argent de l'octroi accordé par les rois Charles V et Charles VI. En 1348 et 1361, la peste noire ajoute ses ravages aux excès de brigandage.

Le vieux comte Jean IV de Chalon vend le comté au roi Charles V, par acte du 25 janvier 1370, moyennant 30 000 francs d'or. Par cette première réunion à la couronne, les Auxerrois deviennent bourgeois du roi. Mais la guerre des Armagnacs et des Bouguignons survenant, Auxerre prend le parti du duc de Bourgogne Jean sans Peur. Une paix plus ostentatoire que sincère est signée à Auxerre le 22 juillet 1412. Louis XI obtient la cession du comté d'Auxerre, cession régularisée en 1490.

Entre-temps, en 1411 les bourgeois font installer une pendule dans la tour de l'église Saint-Eusèbe pour assurer une plus grande régularité dans le service de défense de la ville ; et un hôtel de ville est construit en 1452^,. Les Auxerrois font leur soumission au roi, et Charles le Téméraire périt à Nancy en 1477. Le rattachement du comté d'Auxerre à la France est devenu cette fois définitif^,.

Louis XI confirme également en janvier 1477 les privilèges de la ville et ordonne la création d'un bailliage particulier, détaché de celui de Sens^,.

La guerre passe les Alpes. Avec éblouissement, les nobles découvrent l'Italie d'où ils rapportent une conception nouvelle de la vie et, choc décisif, une idée de l'art.

Villes et campagnes pansent alors leurs plaies. On relève partout les églises. Auxerre s'approvisionne en eau en dérivant les abondantes eaux de Vallan (1495). On y achève la cathédrale.

L'imprimerie est florissante (surtout à Joigny) et l'évêque Jean Baillet fait exécuter les tapisseries fameuses de l'invention des reliques de saint Étienne dont il orne la cathédrale.

Mais c'est sûrement le portail de l'évêché qui est considéré comme le plus intéressant des monuments auxerrois de la Renaissance. Il est l'œuvre de François II de Dinteville que des missions en Italie avaient familiarisé avec l'art nouveau. Il faut aussi ajouter la reconstruction de l'église Saint-Pierre et de la porte de la même abbaye, ouvrant sur la rue Joubert avec sa belle arcade Renaissance.

N'oublions pas le style des hôtels privés auxerrois du  siècle qui est celui de la seconde période de la Renaissance : l'hôtel de Crole, l'hôtel Amyot ou encore l'hôtel du Cerf-Volant, qui passe pour être le plus ancien édifice civil d'Auxerre (XIV^e – XV^e siècles).

La fin des guerres de France-Bourgogne a apporté à l'Auxerrois une ère de sécurité et de prospérité au cours de laquelle le chef-lieu va se façonner au monde moderne. L'affranchissement fait de rapide progrès dans les campagnes, le commerce est actif. Auxerre s'enrichit de l'exportation de ses vins. L'aisance grandit parmi les vignerons, les voituriers par eau, et les propriétaires.

Dès le début du siècle, le développement de la construction entraîne le recul des clos monastiques au profit des lotissements. Les règlements de voirie font leur apparition. Le réseau des voies urbaines prend peu à peu la physionomie qu'il conservera jusqu'à l'époque contemporaine.

Dotée d'un maire par Charles IX en 1561, la municipalité se consacre aux tâches d'édilité, construit ou reconstruit les bâtiments publics (hôtel de ville, pont, horloge, palais de Justice, hôpital de la Maladière…).

La seconde moitié du  siècle ramène les troubles. Les idées issues de la Réforme ont pénétré dans l'Auxerrois par l'Yonne et la Loire.

L'édit de 1562 interdit le culte protestant dans les villes. Les protestants auxerrois se retrouvent alors à Cravant (20 km). Aidés par le gouverneur, ils s'emparent de la ville le 27 septembre 1567. Ils s'y livrent incontinent au pillage et à la dévastation des églises.

Les catholiques récupèrent la ville l'année suivante et massacrent environ 150 réformés. Mais les querelles des princes viennent s'ajouter aux passions locales. La majorité des habitants d'Auxerre se déclare pour la Ligue contre le roi. Il faudra l'abjuration d'Henri IV et surtout la présence des troupes royales aux portes d'Auxerre pour que la ville, le 19 avril 1594, fasse sa soumission à Henri IV.

Le château comtal étant propriété royale depuis 1370 et restant inhabité, le siège du bailliage y est transféré. Le 13 mars 1578 Henri III autorise la municipalité à y stocker artillerie, munitions et arsenal. En 1602 la ville en reçoit la concession pour y établir le palais de justice.

Les abus de la fiscalité, les intempéries, la peste et la réapparition de la lèpre, éprouvent les Auxerrois depuis le début du siècle. D'inspiration médiocre, la municipalité s'épuise en procès multipliés.

Les troubles armés réapparaissent avec la Fronde. Auxerre tient pour le roi et résiste à l'assaut de Condé. Mais le va-et-vient des troupes des deux partis, le brigandage, laissent le pays ravagé. Économiquement, le  siècle est décevant. Lors de la famine de 1709, on dénombre à Auxerre 3 000 pauvres. Aussi la fin du siècle accuse-t-elle un sérieux recul démographique.

Cependant vers 1750, le pouvoir se préoccupe de l'extension et de la restauration des voies de communication dont l'état est lamentable. L'aménagement des anciennes fortifications en promenades publiques débute en 1732. L'éclairage public fait aussi une timide apparition en 1788 avec deux lanternes.

La grande querelle des théologiens sur la prédestination et la grâce, après avoir opposé les catholiques aux protestants, vient à diviser les catholiques eux-mêmes. Fidèle aux idées de Port-Royal, Charles de Caylus, évêque d'Auxerre, entraîne avec lui la majorité de son clergé.

Le diocèse d'Auxerre, « refuge des pécheurs », accueille les prêtres persécutés et s'attire les foudres du gouvernement pour son action clandestine. Les séquelles du jansénisme marquent durablement l'Auxerrois. L'ostracisme contre les prêtres jansénistes, la défiance des populations contre leurs successeurs, la pénurie de prêtres après la Révolution, favorisent, jusqu'à la Restauration, le développement d'un « culte laïcal » déchristianisateur et d'un anticléricalisme qui ne faiblit qu'au  siècle.

• Vue de la ville d'Auxerre, sur le grand chemin de Dijon par Jean-Baptiste Lallemand.

La convocation des États généraux, l'élection des députés du Tiers (23 mars 1789), se font, à Auxerre, dans l'enthousiasme. En 1790, le découpage administratif du pays entraîne la laborieuse création du département de l'Yonne. Peu après, le diocèse d'Auxerre est supprimé.

L'histoire révolutionnaire auxerroise a su éviter d'être sanglante excepté le meurtre accidentel de deux gardes nationaux en 1792. Les passions, sans doute, ne donnèrent le cours qu'elles eurent ailleurs : incarcérations, persécution du clergé, fermeture, démolition des églises (Saint-Loup, N.D.-la-d'Hors, Saint-Regnobert…), leur affectation au culte révolutionnaire, aux clubs, à des services publics. Sur l'air de Jean de Nivelle, les Auxerrois ont popularisé la figure pittoresque et agitée de Guillaume Roussel (le fameux Cadet Roussel), Auxerrois d'adoption, que ses attitudes dans les manifestations et cortèges révolutionnaires ont rendu célèbre.

L'invasion de 1814 amène les Autrichiens à Auxerre, reprise par les troupes françaises, occupée à nouveau après les adieux de Fontainebleau. Retour de l'île d'Elbe, Napoléon arrive à Auxerre le 17 mars 1815, loge deux jours à la préfecture auprès du préfet Gamot, beau-frère du maréchal Ney. L'empereur et le maréchal se rencontrent le 18 mars. L'Empereur passe en revue les troupes de Ney venues se joindre à lui.

Enfant d'Auxerrois, né à Annoux, écolier du collège d'Auxerre, volontaire de 1792, Davout fut l'un des meilleurs ^souhaitée] lieutenants de Napoléon (statue Davout érigée sur les promenades). La ville montre de nombreuses sympathies bonapartistes pendant plusieurs décennies. La célébrité du capitaine Jean-Roch Coignet y a sans doute été pour beaucoup. Natif de l'Yonne, Coignet est aussi un véritable héros des guerres de l'Empire (il meurt en 1860). L'histoire d'Auxerre se poursuit, au  siècle, à l'unisson de l'histoire nationale.

En 1838, la ville est l'une des deux seules villes de garnison du département avec Joigny. Elle héberge la .

En 1848, la ville se tient au bord des manifestations séditieuses. L'opinion républicaine libérale et socialiste a de vigoureuses racines dans la région. La répression politique de 1852 y sera sévère. Entre-temps, la ville a fait toilette. On pousse au pavage des rues et l'aménagement des promenades s'achève. En 1866, Napoléon III est accueilli en visiteur à l'occasion d'un concours agricole régional. À la charnière des siècles, les promenades publiques se garnissent de vastes demeures agrémentées de parcs et de jardins.

Le 20 décembre 1870, durant la guerre franco-allemande, l'artillerie prussienne bombarde la ville qui se rend rapidement aux assiégeants. Auxerre est occupée par 7 à 8 000 soldats prussiens commandés par le général Heinrich Adolf von Zastrow jusqu'au 28 décembre 1870, date à laquelle les prussiens l'évacuent. La ville est de nouveau brièvement occupée par les prussiens du 6 au 9 janvier 1871.

• Auxerre en 1854

Les guerres apportent à Auxerre leurs émotions et leurs deuils. Le 21 décembre 1870, le drapeau blanc est hissé au sommet de la cathédrale après un bombardement. Les bombardements allemands de 1940 entraînent la destruction d'une partie du quartier du Pont. En août 1944, la ville est libérée par les troupes du maréchal Leclerc.
Deux monuments commémorent les morts et victimes de ces périodes néfastes (place de l'arquebuse et place Saint-Amâtre). En août 1945, la  division aéroportée américaine (Screaming Eagles) y installe un camp (ainsi que dans les villes de Sens et de Joigny). Elle y reste jusqu'au 30 novembre de la même année, jour de sa démobilisation.

De 1932 à 1970, la base aérienne 177 Auxerre forme des générations de sous-officiers techniciens de haut niveau, à l'école des télémécaniciens (BEST/Base École des Spécialistes en Télécommunications).

La commune de Vaux fusionne avec Auxerre le 1^er octobre 1972.

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