Mesnay

		Arbois	Pretin
	Arbois	N	Ivory
		O    Mesnay    E
		S
		Les Planches-près-Arbois, La Châtelaine

En 2010, le climat de la commune est de type climat de montagne, selon une étude du Centre national de la recherche scientifique s'appuyant sur une série de données couvrant la période 1971-2000. En 2020, Météo-France publie une typologie des climats de la France métropolitaine dans laquelle la commune est exposée à un climat semi-continental et est dans la région climatique Jura, caractérisée par une forte pluviométrie en toutes saisons (1 000 à 1 500 .

Pour la période 1971-2000, la température annuelle moyenne est de 10,4 amplitude thermique annuelle de 17,2 . Pour la période 1991-2020, la température moyenne annuelle observée sur la station météorologique de Météo-France la plus proche, « Besain », sur la commune de Besain à 13 vol d'oiseau, est de 9,6 °C et le cumul annuel moyen de précipitations est de 1 525,6 mm. La température maximale relevée sur cette station est de 39,5 ^,,.

Les paramètres climatiques de la commune ont été estimés pour le milieu du siècle (2041-2070) selon différents scénarios d'émission de gaz à effet de serre à partir des nouvelles projections climatiques de référence DRIAS-2020. Ils sont consultables sur un site dédié publié par Météo-France en novembre 2022.

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Les premières traces d'occupation avérées sont liées aux hommes de Cro-Magnon, entre 40 000 et 10 000 ans avant notre ère. À Mesnay, ces populations appartenant à l'espèce Homo sapiens ont laissé des traces d'ossements, d'outils taillés et de foyers.

En parallèle, dans la proximité directe de Mesnay, les traces les plus anciennes de cette période datent du Paléolithique final, environ 12 300 à 9 700 avant J.-C., avec des outils lithiques découverts sur le site de la ZAC de l'Ethole d'Arbois, utilisés par des chasseurs-cueilleurs pour capturer de grands herbivores comme les aurochs et les cerfs.

Au Mésolithique, les occupations humaines se diversifient. À Mesnay, les fouilles n'ont pas encore révélé de traces significatives de cette période, mais dans la proximité directe, il est établi que des groupes de chasseurs-cueilleurs établissent des campements temporaires dans la vallée de la Cuisance. Le site de l'Ethole a livré des pointes de flèches sophistiquées, des foyers et des restes d'animaux datant de 7 500 à 6 500 av. J.-C..

Au Néolithique (environ 5000 à 2200 avant J.-C.), la région connaît l'apparition de l'agriculture et de l'élevage. À Arbois, des vestiges de céramiques et des structures domestiques ont été découverts, révélant une vie sédentaire.

L'Âge du Bronze (2200 à 800 av. J.-C.) marque une phase de sédentarisation avec des structures d'habitat et des rites funéraires plus élaborés.

Sur le site de la Roche Maldru à Mesnay, les populations locales ont construit des remparts et des palissades autour de leurs habitations, témoignant de l'importance défensive et stratégique de ce site. Les fouilles menées par Maurice Piroutet en 1899 ont révélé la présence de retranchements et de structures de calcination, utilisées pour solidifier les murs de défense grâce à une technique de chaux carbonatée. Ces fortifications témoignent de l'organisation sociale et militaire des populations à cette époque. Le mobilier archéologique découvert inclut des poteries caractéristiques du Bronze I et II, ainsi que des objets en métal tels que des épingles en cuivre et des flèches en bronze, indiquant une occupation continue du site durant cette période.