Chapelle-d'Huin

		Septfontaines	Val-d'Usiers
	Levier	N	Chaffois Bannans Bulle
		O    Chapelle-d'Huin    E
		S
	Boujailles	Dompierre-les-Tilleuls	La Rivière-Drugeon

En 2010, le climat de la commune est de type climat de montagne, selon une étude du Centre national de la recherche scientifique s'appuyant sur une série de données couvrant la période 1971-2000. En 2020, Météo-France publie une typologie des climats de la France métropolitaine dans laquelle la commune est dans une zone de transition entre le climat semi-continental et le climat de montagne et est dans la région climatique Jura, caractérisée par une forte pluviométrie en toutes saisons (1 000 à 1 500 .

Pour la période 1971-2000, la température annuelle moyenne est de 7,1 amplitude thermique annuelle de 16,1 . Pour la période 1991-2020, la température moyenne annuelle observée sur la station météorologique de Météo-France la plus proche, « Coulans », sur la commune d'Éternoz à 13 vol d'oiseau, est de 10,5 °C et le cumul annuel moyen de précipitations est de 1 259,2 mm. La température maximale relevée sur cette station est de 38,7 ^,,.

Les paramètres climatiques de la commune ont été estimés pour le milieu du siècle (2041-2070) selon différents scénarios d'émission de gaz à effet de serre à partir des nouvelles projections climatiques de référence DRIAS-2020. Ils sont consultables sur un site dédié publié par Météo-France en novembre 2022.

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Capella de Huins en 1275 ; Capella Duyn à la fin du  siècle ; Capella d'Uhin au  siècle ; La Chapelle d'Uyn en 1402. Hameaux : La Chaux, Le Souillot.

Les rivalités sont fréquentes, dans le Haut-Doubs, entre seigneurs laïcs et seigneurs ecclésiastiques. C'est ainsi que l'influence de l'Abbaye de Montbenoît (qui a pu se propager à travers le val d'Usier) et celle de la Maison de Chalon-Arlay (solidement établie sur la Chaux d'Arlier) se partagent le pouvoir temporel sur la Chapelle-d'Huin.

Chapelle-d'Huin (Capellam de Hellens) relevait de la seigneurie de Chalamont. En 1141, l'église du village appartenait à l'Abbaye de Montbenoît. À partir de 1324, un accord était trouvé entre Béatrice de Vienne, fille d' de Viennois, qui agissait en tant que tutrice de son jeune fils Jean II de Chalon-Arlay et les religieux de Montbenoît au sujet des hommes et des terres de ce bourg. Il était décidé qu'ils deviendraient la propriété commune du seigneur et du couvent. En vertu de cet accord le procureur de l'abbaye réclamait, la même année, la moitié de l'impôt de deux cent-vingt livres, dans cet acte il était question des « villes vieille et neuve » de « la Chapelle », il est possible que la « nouvelle ville » soit maintenant le hameau nommé le Souillot. En 1393 était fondée une chapelle pour le repos de Guillaume Faguier.

Les villageois étaient affranchis le 26 mars 1355 de la mainmorte par Jean II de Chalon, le 7 mars 1402 son petit-fils Jean III de Chalon-Arlay, Prince d'Orange les dispensait d'aller faire le guet et la garde au château de Villers-sous-Chalamont.

Le  siècle fut dévastateur pour la seigneurie, en 1636 la peste enlevait les deux tiers des habitants de Boujailles, Chalamont et Courvières. Le 26 juillet de la même année, un orage de grêle détruisait une grande partie des récoltes sur tout le territoire. En 1638, c'est la guerre de Trente Ans qui ravageait la contrée.