Sainte-Colombe-en-Auxois

	Charigny	Marigny-le-Cahouët
	Braux	N	Arnay-sous-Vitteaux
		O    Sainte-Colombe-en-Auxois    E
		S
	Clamerey	Velogny

En 2010, le climat de la commune est de type climat des marges montargnardes, selon une étude du Centre national de la recherche scientifique s'appuyant sur une série de données couvrant la période 1971-2000. En 2020, Météo-France publie une typologie des climats de la France métropolitaine dans laquelle la commune est exposée à un climat océanique altéré et est dans la région climatique Lorraine, plateau de Langres, Morvan, caractérisée par un hiver rude (1,5 .

Pour la période 1971-2000, la température annuelle moyenne est de 10 amplitude thermique annuelle de 16,7 . Pour la période 1991-2020, la température moyenne annuelle observée sur la station météorologique de Météo-France la plus proche, « Semur En Auxois_sapc », sur la commune de Semur-en-Auxois à 12 vol d'oiseau, est de 11,2 ^,. Pour l'avenir, les paramètres climatiques de la commune estimés pour 2050 selon différents scénarios d'émission de gaz à effet de serre sont consultables sur un site dédié publié par Météo-France en novembre 2022.

Durant la Révolution, la commune de Sainte-Colombe porte le nom de Rochefontaine.
La commune était nommée Sainte-Colombe avant le 6 décembre 2014.

Les premières sources écrites mentionnant Sainte-Colombe évoquent des terres appartenant à une seigneurie qui relève des ducs de Bourgogne ainsi que d'une certaine « Dame de la Roiche » (personne non identifiée). Au feux, soit de 45 à 60 habitants au total.

En 1604, les terres et seigneuries de Marigny-le-Cahouët, La Roche-Vanneau et Sainte-Colombe sont la propriété de François Juvénal des Ursins, marquis de Traînel et chevalier de l'Ordre du Saint-Esprit (depuis 1599), et de son épouse, Guillemette Dorgemont. Le domaine est ensuite cédé à Michel du Faur de Pibrac (et Claude d'Étampes, son épouse).

En 1640, Jacques Filsjean, gouverneur de la chancellerie de Bourgogne et seigneur local, fait construire un château à proximité de l'église médiévale. Par la suite, tout le village se développe autour de l'ascension sociale de cette famille Filsjean qui compte parmi elle plusieurs conseillers du roi aux États de Bourgogne.

Dans la deuxième moitié du guerre des farines. Jean-Charles Filsjean est mis à mort par la population de Vitteaux sous la Révolution.

Au cours de la période révolutionnaire de la Convention nationale (1792-1795), la commune a porté le nom de Rochefontaine.

Depuis l'année 2012, la commune de Sainte-Colombe-en-Auxois est reconnue Agenda 21 local.