Bonnencontre

	Saint-Nicolas-lès-Cîteaux		Charrey-sur-Saône
	Broin	N
		O    Bonnencontre    E
		S
	Auvillars-sur-Saône	Lechâtelet, Pagny-la-Ville	Esbarres

En 2010, le climat de la commune est de type climat océanique dégradé des plaines du Centre et du Nord, selon une étude du Centre national de la recherche scientifique s'appuyant sur une série de données couvrant la période 1971-2000. En 2020, Météo-France publie une typologie des climats de la France métropolitaine dans laquelle la commune est dans une zone de transition entre le climat océanique altéré et le climat océanique altéré et est dans la région climatique Bourgogne, vallée de la Saône, caractérisée par un bon ensoleillement (1 900 .

Pour la période 1971-2000, la température annuelle moyenne est de 11 amplitude thermique annuelle de 17,7 . Pour la période 1991-2020, la température moyenne annuelle observée sur la station météorologique de Météo-France la plus proche, « Pagny-le-chateau », sur la commune de Chamblanc à 7 vol d'oiseau, est de 11,7 ^,. Pour l'avenir, les paramètres climatiques de la commune estimés pour 2050 selon différents scénarios d'émission de gaz à effet de serre sont consultables sur un site dédié publié par Météo-France en novembre 2022.

Bonnencontre, autrefois Villey-sur-Saône, doit son nom à une Bonne Rencontre (terme employé pour désigner un combat) qu’aurait livré en 1391, Philippe le Hardi, duc de Bourgogne, à une bande de redoutables écorcheurs, qui écumait le val de Saône et qu’il aurait exterminée sur place.^{[réf. nécessaire]}

À cette époque s’élevait une maison forte qui avait été construite au  siècle à l'emplacement actuel de l’église. Celle-ci en sa partie du chœur n'est autre qu'une chapelle qui deviendra la chapelle du château-fort bâti en 1430 par Marguerite de Vienne. Il fut en partie détruit en 1636 par les Croates du général autrichien Gallas, durant la guerre de Trente Ans. Aujourd'hui il ne reste plus comme vestiges que la chapelle du château, le chœur de l'église actuelle ( siècle) et les monticules de terre marquant l'emplacement des tours.^{[réf. nécessaire]}